【令和8年4月開始】関連者間取引の「書類保存特例」詳細が判明｜申告期限までに根拠資料を準備しないと青色取消リスクも
- 安田 亮
- 5月13日
- 読了時間: 4分
おはようございます！代表の安田です。
令和8年度税制改正で創設された「企業グループ間の取引に係る書類保存の特例」について、改正法人税法施行規則により詳細が明確化されました。これにより、内国法人（青色申告法人）は、関連者との一定取引で、契約書等に支払額の算定根拠などの記載が不足している場合、不足事項を明らかにする書類を取得・作成して保存する必要があります。
特に実務で重要なのは、対象となる事業年度が令和8年4月1日以後開始事業年度である点に加え、保存すべき書類は確定申告期限（延長時は延長期限）までに準備が必要という点です。「後で整える」では間に合わない制度設計であり、グループ内取引（無形資産・シェアードコスト等）が多い企業ほど早期対応が求められます。
本記事では、公認会計士の視点から、制度の対象・必要書類・期限・実務対応のポイントを整理します。
1. 制度の全体像：契約書等に“算定根拠”がない場合に補完書類が必要
本特例は、青色申告法人が関連者との間で一定の取引を行なった場合に、注文書・契約書・見積書などの「取引関連書類」に、対価の額の明細や計算方法等の一定の記載事項がないとき、その不足事項（特定事項）を明らかにする書類（特定事項記載書類）を取得または作成し、整理して保存することを求めるものです。
そして、保存されていない場合は青色申告の承認取消事由等となり得ます。単なる書類の話に見えますが、税務リスクは重い点が要注意です。
2. いつから適用？令和8年4月1日以後開始事業年度の関連者間取引が対象
適用対象は、施行日（令和8年4月1日）以後に開始する事業年度に行なう関連者間取引です。3月決算企業の適用初年度は、令和8年4月1日〜令和9年3月31日に行った取引が対象になります。
3. 最大の実務ポイント：書類の準備は「確定申告期限まで」に必要
保存すべき書類は、確定申告期限（延長した場合は延長期限）までに準備する必要があります。
加えて、特定事項記載書類は、原則として「起算日（事業年度終了の日の翌日から2月経過日）」から7年間、納税地等で保存する整理です。
つまり実務フローとしては、取引発生→（期中）証憑整理→（期末後）不足事項の補完→申告期限までに完了が前提になります。
4. 「関連者」の範囲：国内外を問わず、持株関係・実質支配関係など
関連者は、国内外を問わない法人で、青色申告法人との間に
持株関係
実質的支配関係
これらが連鎖する関係
等があるものを指す、とされています。
グローバル企業では海外子会社・海外親会社との取引が多いため、税務部門だけでなく、経理・法務・購買・シェアードサービス部門との連携が不可欠です。
5. 対象取引は2類型：無形資産（工業所有権等）と一定の役務提供（シェアードコスト等）
対象となる関連者間取引は、次の2つです。
① 工業所有権等の譲渡又は貸付け（無形資産）
保存すべき書類に求められる記載事項は、
（A）工業所有権等の明細
（B）工業所有権等が青色申告法人で果たす機能
（C）対価の額の明細および対価設定の方法
要するに、何を、どの目的で使い、どういう根拠で金額が決まったかを説明できる形が必要です。
② 一定の役務提供（経営管理、研究開発、広告宣伝、専用資産の維持管理等）
役務提供は類型に応じて、
事業活動の内容
負担する費用額の計算方法
役務提供の明細・内容
対価の明細・計算方法
などの記載が求められます。
実務で特に該当しやすいのが、いわゆるシェアードコスト（費用配賦）や、グループ本社の経営管理費、IT費用、研究開発費の配賦などです。
6. 電帳法との関係：メール等の電子取引で取得した場合は“電帳法で保存”
重要な例外として、メール等の電子取引（電帳法の定義）により記載事項を取得した場合、本特例は適用されず、電子帳簿保存法（電帳法）に基づき保存する整理です。
「紙で補完する」ではなく、電子保存要件に沿った運用設計が必要になります。
7. すぐ使える実務チェックリスト（導入前の棚卸し）
関連者（国内外）の一覧と、対象取引（無形資産／役務提供）の棚卸し
契約書・請求書等に、明細・計算方法・設定方法が書かれているかの確認
不足がある取引は、特定事項記載書類（補完資料）を「どこが作るか」決める（税務／経理／法務／事業部）
申告期限までに準備する工程表を作る（延長がある場合は期限も反映）
電子取引の場合は電帳法保存の要件を満たしているか確認
まとめ：制度開始は2026年4月期から。算定根拠を申告期限までに揃える体制づくりが必須
関連者間取引の書類保存特例は、グループ内取引で算定根拠が契約書等に十分記載されていない場合に、補完書類（特定事項記載書類）の取得・作成・保存を求める制度です。
適用は令和8年4月1日以後開始事業年度からで、書類準備は確定申告期限までに必要となります。無形資産取引やシェアードコスト取引が多い企業は、税務・経理・法務・現場を横断して、早期に運用設計を進めることが重要です。
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