【2026年最新】税務調査前に帳簿データの提出を求められたら？事前通知・拒否・修正申告の取扱いを税理士が解説

安田亮

11 時間前

読了時間: 20分

更新日：7 時間前

おはようございます！代表の安田です。

2026年10月13日、国税庁は「税務調査等における帳簿等データの提出依頼等に関するQ&A」を公表しました。

国税庁では、税務調査の効率化や納税者の負担軽減を目的として、税務署の職員が会社や事業所を訪問する前に、会計帳簿などの電子データの提出を依頼する取組を進めています。

今回公表されたQ&Aでは、実地の税務調査前に帳簿等データの提出を依頼するタイミングや、提出を断った場合の取扱い、紙での提出、修正申告時の加算税、提出データの管理方法などが明らかにされました。

特に重要なのは、次の3点です。

帳簿等データの提出依頼は、原則として税務調査の「事前通知後」に行われる
正当な理由なく提出要求に応じない場合は、罰則の対象となる可能性があるが、提出しないという事実だけで直ちに罰則が適用されるわけではない
帳簿等データを事前に提出しただけで、修正申告が「更正を予知してされたもの」と判断されるわけではない

今回は、国税庁のQ&A全16問のうち、企業の経営者や経理担当者にとって重要な事項を中心に、税務調査前の帳簿データ提出への対応方法を解説します。

税務調査前に帳簿データの提出を求める取組とは？

従来の税務調査では、税務署の調査担当者が会社や事業所を訪問し、その場で総勘定元帳や仕訳帳、請求書などを確認することが一般的でした。

しかし、企業の会計システムや帳簿の電子化が進み、税務調査においても電子データを活用する場面が増えています。

そこで国税庁は、税務調査前に必要な帳簿等データを提出してもらい、税務署側であらかじめ内容を確認する取組を進めています。

例えば、次のようなデータが提出依頼の対象となることが考えられます。

帳簿・資料	具体例
仕訳帳	会計ソフトから出力した仕訳データ
総勘定元帳	各勘定科目の取引明細
売上関係資料	売上明細、請求データ
仕入・経費関係資料	仕入明細、経費の取引データ
その他の資料	調査に必要な帳簿書類の電子データ

※実際に提出を求められる範囲は、個別の税務調査の内容によって異なります。

この取組の目的は、調査担当者が実地調査前に資料を確認できるようにすることで、調査当日の確認作業を効率化することです。

国税庁は、結果として実地調査の期間や、納税者が調査に対応する時間の短縮につながることを期待しています。

ただし、帳簿データを提出すれば税務調査がすべてオンラインで完結するというわけではありません。事業活動の実態確認が必要な場合には、従来どおり実地調査が行なわれます。

帳簿データの提出依頼は原則として「事前通知後」

今回のQ&Aで最も重要な変更点が、帳簿等データの提出を依頼するタイミングです。

国税庁は2026年10月13日以後、原則として、実地調査の事前通知を行なった後に帳簿等データの提出を依頼することとしています。

「調査通知」と「事前通知」の違い

税務調査の手続には、「調査通知」と「事前通知」という異なる概念があります。

区分	主な内容
調査通知	実地調査を行う旨、対象税目、対象期間などを通知
事前通知	調査開始日時・場所、目的、対象となる帳簿書類等を含む所定の事項を通知

今回の見直しによって、帳簿等データの提出依頼は、原則として「事前通知後」に行なわれることになりました。

これは、納税者が調査の内容を理解し、必要な準備をなえるようにするための取扱いです。

税務調査までの基本的な流れ

順序	手続
①	調査通知
②	実地調査の日程調整
③	事前通知
④	帳簿等データの提出依頼・提出
⑤	税務署によるデータの事前確認
⑥	実地調査

このように、原則として、調査の対象や日程などの通知を受けた後にデータを提出する流れになります。

ただし、例外的な取扱いも設けられています。

事前通知前に帳簿データを求められる場合もある

原則は事前通知後ですが、必ず事前通知が完了してからでなければ提出依頼できないわけではありません。

国税庁のQ&A問2では、実地調査の日程調整に時間がかかる場合などに、事前通知に先立って帳簿等データの提出を依頼することがあるとされています。

例えば、調査通知後に、会社と税務署の間で実地調査の日程がなかなか決まらないケースです。このような場合、事前通知より前に、必要なデータの提出を依頼される可能性があります。

ただし、国税庁は、提出期限等について納税者の事情を踏まえて丁寧に対応するとしています。

＜事前通知前に依頼された場合の確認事項＞

調査対象となる税目と期間
提出を求められている帳簿やデータの種類
提出範囲と提出期限
提出方法
顧問税理士との対応方針

特に、事前通知前に提出を依頼する場合でも、提出対象は調査に必要な範囲に限られることが示されています。

したがって、提出対象が不明確な場合には、税務署の担当者に確認することが重要です。

税務署から求められたデータはすべて提出しなければならない？

帳簿等データの提出依頼を受けた場合、会社の会計システムに保存されているすべてのデータを無条件に提出する必要があるのでしょうか。

この点について、国税庁のQ&A問4では、質問検査権に基づく資料の提出要求は、調査について必要がある範囲に限られるとしています。

例えば、特定の事業年度の売上取引について確認するために、売上関係データの提出を求められた場合を考えます。この場合、調査に必要となる範囲を確認したうえで、対象データを準備することになります。

＜提出前に確認したいこと＞

項目	確認内容
対象年度	何年分のデータが必要か
対象税目	法人税・消費税など、何の調査か
対象帳簿	仕訳帳、元帳、売上明細など
提出範囲	全件か、特定の取引・勘定科目か
データ形式	CSV、Excel、PDFなど
提出方法	指定されたオンラインツール等
提出期限	いつまでに提出するか

実務上は、調査担当者と提出範囲を確認し、必要なデータを正確に準備することが重要です。また、会計ソフトから出力する際には、対象期間や勘定科目が正しく設定されているかも確認しましょう。

帳簿データの提出を拒否すると罰則がある？

今回のQ&Aで注目されるのが、帳簿等データの提出依頼に応じなかった場合の取扱いです。

国税通則法第128条には、税務調査における質問検査権に基づく物件の提示・提出要求などについて、正当な理由なく応じなかった場合の罰則が規定されています。

そのため、正当な理由なく帳簿等データの提出要求に応じない場合も、罰則の対象となる可能性があります。

ただし、国税庁のQ&A問5では、次の考え方が示されています。

実地調査前のデータ提出依頼に応じないという事実だけで、直ちに罰則が適用されるわけではない
国税当局が強権的に帳簿等データの提出を求めることはない
事前提出の取組は、納税者の理解と協力の下、承諾を得て実施する

したがって、次の2つの考え方は、いずれも正確ではありません。

誤解①：税務署からデータ提出を依頼されたら、どのような事情があっても直ちに従わなければ罰則がある

誤解②：事前提出は協力ベースなので、どのような提出要求でも自由に拒否できる

実際には、質問検査権に基づく適法な提出要求であるか、提出できない正当な理由があるか、事前提出の方法についてどのような合意があるかなどを踏まえて判断する必要があります。

提出に支障がある場合には、回答を放置するのではなく、事情を説明して調査担当者と協議することが重要です。

電子データではなく紙で提出してもよい？

会社によっては、セキュリティ上の理由などから、会計帳簿の電子データを外部へ送信することに不安があるかもしれません。

また、会計ソフトから必要な形式でデータを出力できない場合も考えられます。

このような場合について、国税庁のQ&A問6では、電子データによる提出を依頼する趣旨が説明されています。

国税庁は、帳簿等をデータで受け取ることで、書面による提出に比べて分析や検証を効率的に行なえるとしています。そのため、可能な限り電子データでの提出への協力を求めています。

一方、事前提出は、納税者の理解と協力の下、承諾を得て実施する取組であるとも説明しています。

＜提出方法についての整理＞

提出方法	取扱い
オンラインツールによるデータ提出	国税庁が協力を求める方法
紙の帳簿書類を提出	個別の事情を踏まえて協議
実地調査時に帳簿を提示	個別の事情を踏まえて協議
データ提出依頼に一切応じない	正当な理由の有無等に注意

重要なのは、「紙で提出すれば必ず認められる」とも、「電子データでなければ一切認められない」とも一律にはいえないという点です。

提出方法について懸念がある場合には、調査担当者や顧問税理士と相談し、適切な対応を検討しましょう。

帳簿データを提出した日が「税務調査開始日」になる？

税務調査前にデータを提出する場合、調査の開始日がいつになるのかも問題になります。

国税庁のQ&A問7では、オンラインツールを利用した帳簿等データの提出要求は質問検査権の行使に該当するものの、実地の調査には該当しないとされています。

実地の調査とは、税務署の担当者が会社や事業所などに実際に訪問して質問検査等を行なう調査です。

そのため、オンラインでデータの提出を求めた日が、そのまま事前通知における「調査を開始する日時」になるわけではありません。

＜具体例＞

日付	手続	実地調査との関係
11月10日	税務調査の事前通知	調査開始前
11月15日	オンラインで帳簿データを提出	実地調査には該当しない
11月25日	税務署職員が会社を訪問	実地調査開始

※日付は説明用の仮定です。

この場合、事前通知における実地調査の開始日時は、11月25日となります。

ただし、11月15日のデータ提出要求が質問検査権の行使に当たらないという意味ではありません。

また、調査担当者が予定より早く会社などを訪問して質問検査等を行う場合には、事前通知した開始日時の変更が必要になることがあります。

事前提出後に修正申告すると過少申告加算税はどうなる？

今回のQ&Aで、税務上特に重要なのが修正申告と加算税の関係です。

例えば、税務調査の事前通知を受け、帳簿データを提出した後に、会社が自ら売上計上漏れに気付いたとします。

この場合、実地調査が始まる前に修正申告を行なったとしても、税務調査との関係によって過少申告加算税の税率が異なります。

＜過少申告加算税の基本的な違い＞

修正申告の時期・状況	原則的な過少申告加算税率
調査通知前、かつ更正を予知する前	0％
調査通知後、更正を予知する前	5％
更正を予知した後	10％

※一定の金額を超える部分については加重税率が適用されるほか、個別の事実関係による例外があります。

この違いを理解するために重要なのが、「更正を予知したかどうか」という判定です。

帳簿データを提出しただけでは「更正の予知」にならない

国税庁のQ&A問8では、実地調査前に帳簿等データを提出したという事実だけで、更正があるべきことを予知したと判断されるわけではないとしています。

例えば、帳簿データを提出した後、税務署から特に問題点を指摘されていない段階で、自主的に売上計上漏れを発見し、修正申告を提出した場合です。

この場合、データを提出済みであるという理由だけで、直ちに「更正を予知した後の修正申告」に該当するわけではありません。

一方、税務署が帳簿データを分析した結果、具体的な申告誤りを指摘し、納税者が更正されることを予知したと認められる場合には、取扱いが異なります。

つまり、「帳簿データ提出日」だけで加算税率が決まるわけではないということです。

修正申告のタイミングで加算税が変わる具体例

例えば、法人税の申告について、次の状況を考えます。

当初の法人税申告に売上計上漏れがあった
修正申告による追加納税額は30万円
当初の申告納税額は100万円
重加算税等の対象となる事情はない

＜ケース①＞調査通知後、自主的に誤りを発見

税務署から調査通知を受けた後、会社が帳簿を見直した結果、自主的に売上計上漏れを発見し、税務署から具体的な指摘を受ける前に修正申告したとします。

更正を予知していないと判断される場合、過少申告加算税は原則5％です。

30万円×5％＝1万5,000円

＜ケース②＞税務署から売上計上漏れの指摘を受けた後に修正申告

税務署が帳簿データを分析し、売上計上漏れについて具体的に指摘した後、会社が修正申告を提出したとします。

更正を予知していたと判断される場合、過少申告加算税は原則10％です。

30万円×10％＝3万円

＜比較表＞

項目	ケース①	ケース②
追加納税額	30万円	30万円
修正申告の状況	自主的に誤りを発見	税務署から具体的な指摘
更正の予知	なしと判断される場合	ありと判断される場合
過少申告加算税率	5％	10％
過少申告加算税	1万5,000円	3万円

※本例では、加重税率が適用されない前提としています。実際の加算税は、修正申告の時期や具体的な指摘内容などによって判断されます。

このように、実地調査前であっても、修正申告を行なうまでの経緯によって加算税の取扱いが変わる場合があります。

税務調査の連絡を受けた後に申告誤りを発見した場合には、修正申告のタイミングと、税務署から受けた指摘の内容を確認することが重要です。

提出した帳簿データのセキュリティはどう管理される？

帳簿等データを提出する場合、企業として気になるのが情報セキュリティです。

会計帳簿には、取引先の名称、取引金額、給与、役員報酬など、重要な情報が含まれることがあります。

国税庁のQ&A問11では、提出されたデータについて、行政文書管理規則等に従って管理することが説明されています。

具体的には、次のような措置です。

セキュリティ対策	主な内容
アクセス権限	必要な職員に利用権限を設定
パスワード	必要に応じて設定
暗号化	必要に応じて実施
保存期間管理	行政文書管理規則等に従って管理
保存期間満了後	所定の規則に基づいて消去

ただし、税務調査が終了すれば、提出したデータが直ちに削除されるというわけではありません。

国税当局の規則に基づく保存期間が設定され、その期間が満了したデータについて所定の処理が行われます。

企業側でも、提出するデータの内容や提出先を確認し、情報漏えいなどのリスクに注意することが重要です。

提出したデータは別の会社の税務調査にも使われる？

今回のQ&A問12では、提出された帳簿等データの利用目的についても説明されています。

国税庁によれば、税務調査によって把握した情報は、他の事案の税務調査や行政指導に利用される場合があります。

例えば、A社の税務調査で提出された取引データについて、取引先B社の申告内容を確認する際に利用される可能性があります。

ただし、情報の入手先や内容が明らかにならないよう注意するなど、法令上の取扱いに従って利用されます。

企業が理解しておきたいこと

提出した帳簿等データは、提出先の会社の調査だけにしか利用されないわけではない
他の税務調査や行政指導に活用される場合がある
個人情報についても、法令上の利用目的の範囲内で利用される場合がある
国税当局は、守秘義務や情報管理に関する規定に従う必要がある

このため、帳簿データの提出に当たっては、取引先情報などが含まれることを認識しておく必要があります。

ただし、他社の調査に利用される可能性があるからといって、調査に必要な資料を任意に削除・改変して提出してよいわけではありません。提出範囲について懸念がある場合には、事前に調査担当者と協議することが適切です。

オンラインで提出したデータは「留置き」になる？

税務調査では、税務署が帳簿書類などを預かる「留置き」という手続が行なわれる場合があります。

しかし、オンラインストレージサービスを利用して帳簿等データを提出した場合については、通常の留置きとは異なる取扱いが示されています。

国税庁のQ&A問16によれば、オンラインストレージを利用して提出された帳簿等データは、留置きの対象にはならないとされています。

これは、税務署のUSBメモリなどを利用して、納税者のパソコンから複写データの提出を受ける場合と同様の考え方です。

＜提出方法による違い＞

項目	帳簿書類等の留置き	オンラインによる複写データの提出
取扱い	物件の留置きに該当する場合あり	留置きには該当しない
留置きに関する文書	所定の文書交付が必要となる場合あり	交付されない
提出データの取扱い	法令に基づいて管理	国税当局の規則等に基づいて管理

ただし、オンラインで提出したデータについては、国税当局における取扱いに関する説明文の交付、または口頭による説明が行なわれます。

そのため、データの提出時には、どのように管理されるのかを確認しておくとよいでしょう。

税務調査の事前提出依頼を受けた場合の実務対応

税務署から帳簿等データの提出を依頼された場合、まずは提出範囲と提出方法を確認し、顧問税理士と対応方針を整理することが重要です。

例えば、次のような流れで対応することが考えられます。

ステップ①：提出依頼の内容を確認する

税務署からの依頼について、対象税目、対象期間、提出資料、提出期限などを確認します。

必要に応じて、調査担当者に提出対象となる帳簿やデータ形式を確認しましょう。

ステップ②：顧問税理士と提出範囲を整理する

提出が求められている範囲を確認し、税務調査の対象となる取引や勘定科目を整理します。

また、過去の申告内容や帳簿と照合することも重要です。

ステップ③：会計データを準備する

会計ソフトから仕訳帳や総勘定元帳などを出力します。

その際には、必要な期間・勘定科目が含まれているか、文字化けやデータ欠落がないかを確認します。

ステップ④：所定の方法でデータを提出する

税務署から案内された方法でデータを提出します。

提出日時、データの内容、ファイル名、提出先などを記録しておくと、後日の確認に役立ちます。

ステップ⑤：提出後も申告内容を確認する

提出した後に申告誤りが見つかった場合には、修正申告の必要性や加算税の取扱いを検討します。特に、税務署から具体的な非違事項の指摘を受けているかどうかは、加算税の判定に影響する可能性があります。

経営者・経理担当者向けチェックリスト

確認事項	内容
税務調査の通知	調査通知・事前通知の内容を確認したか
提出依頼の時期	事前通知後の依頼か
提出範囲	調査に必要な範囲が明確か
対象年度	提出する事業年度が正しいか
データ形式	指定された形式で出力できるか
会計データ	出力漏れや破損がないか
顧問税理士	提出内容を共有しているか
セキュリティ	送信先や提出方法を確認したか
提出記録	いつ、何を提出したか記録しているか
修正申告	申告誤りを発見した場合の対応を確認したか
加算税	更正の予知に該当するかを検討したか
データの取扱い	保存・管理・他の調査での利用を理解しているか

特に、会計ソフトを利用している企業では、税務調査に備えてデータの出力方法を確認しておくとよいでしょう。

税務調査の依頼を受けてから初めて操作方法を調べるのではなく、日常的に帳簿データを確認・保存できる体制を整えておくことが重要です。

よくある質問

Q. 税務調査前に帳簿データの提出を求められるようになったのはいつからですか？

A. 国税庁では以前から取組を進めていましたが、2026年10月13日、統一的な対応を示すQ&Aが公表されました。同日以後の取扱いでは、実地調査前のデータ提出依頼は原則として事前通知後に行われます。

Q. 事前通知前でも帳簿データの提出を求められますか？

A. はい。実地調査の日程調整に時間がかかる場合などには、例外的に事前通知前に提出を依頼される場合があります。

Q. 会計データの提出を拒否すると罰則がありますか？

A. 質問検査権に基づく適法な提出要求に正当な理由なく応じない場合、罰則の対象となる可能性があります。ただし、事前提出の依頼に応じなかったという事実だけで、直ちに罰則が適用されるわけではありません。

Q. 紙の総勘定元帳を提出する方法でもよいですか？

A. 国税庁は、分析や検証の効率化のため、可能な限り電子データによる提出への協力を求めています。ただし、事前提出は納税者の理解・協力の下で実施されるものであり、実際の提出方法については個別に協議することになります。

Q. 帳簿データを提出した日が税務調査の開始日になりますか？

A. オンラインでのデータ提出要求は質問検査権の行使に当たりますが、実地調査には該当しません。事前通知における実地調査の開始日は、原則として税務署職員が事業所等を訪問して質問検査等を行なう日時です。

Q. 帳簿データ提出後に修正申告すると加算税は10％になりますか？

A. 必ずしもそうではありません。帳簿データを提出しただけでは、更正を予知したことにはなりません。調査通知後、更正を予知する前の修正申告であれば、過少申告加算税は原則として5％です。

Q. 税務署へ提出した帳簿データは調査終了後に削除されますか？

A. 調査終了時に直ちに削除されるわけではありません。国税庁の行政文書管理規則等に基づいて管理され、保存期間が満了したデータについては所定の方法で消去されます。

Q. 提出したデータが取引先の税務調査にも使用されることはありますか？

A. はい。国税庁は、税務調査によって把握した情報を、他の税務調査や行政指導のために利用する場合があるとしています。ただし、情報の取扱いについては法令や情報管理に関する規則に従う必要があります。

Q. オンラインで提出したデータは税務署による「留置き」に該当しますか？

A. いいえ。オンラインストレージサービスを利用して提出した帳簿等データについては、留置きの対象にならないとされています。

まとめ

国税庁は2026年10月13日、税務調査前の帳簿等データ提出に関するQ&Aを公表しました。

今回の重要なポイントは次のとおりです。

税務調査の効率化を目的として、実地調査前に帳簿等データの提出を求める取組が進められている
2026年10月13日以後、提出依頼は原則として事前通知後に行われる
日程調整などの事情により、事前通知前に提出を依頼される場合もある
提出対象となるデータは、調査に必要な範囲に限られる
正当な理由なく適法な提出要求に応じない場合には、罰則の対象となる可能性がある
ただし、事前提出の依頼に応じないという事実だけで、直ちに罰則が適用されるわけではない
電子データではなく書面での提出を希望する場合などには、個別の協議が重要
オンラインによるデータ提出要求は質問検査権の行使に該当するが、実地調査には該当しない
データを事前提出しただけで、修正申告が更正を予知してされたものとは判断されない
提出されたデータは、国税庁の行政文書管理規則等に従って管理される
提出データが、他の税務調査や行政指導に利用される場合がある
オンラインストレージによるデータ提出は、原則として留置きの対象にならない

特に重要なのは、「税務調査前にデータを提出すること」と「税務調査で申告誤りを指摘されること」は別の問題だという点です。

データを事前に提出したという事実だけで、修正申告に対して直ちに高い税率の加算税が課されるわけではありません。

一方、提出依頼への対応については、質問検査権に基づく要求であるか、提出するデータの範囲は適切かなどを確認する必要があります。

企業の経理担当者は、日常的に会計帳簿を正確に作成・保存するとともに、税務調査に備えて会計データを適切に出力できる体制を整えておくことが重要です。

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【この記事の執筆者】

安田亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。