【2026年熊本地震】消費税・インボイスの災害特例とは？課税事業者・簡易課税の変更、登録取消しを税理士が解説

安田亮

18 時間前

読了時間: 19分

こんにちは！代表の安田です。

2026年（令和8年）7月28日に発生した熊本地震により、事業所や店舗、設備、帳簿書類などに被害を受けた事業者について、消費税の特例措置が設けられています。

令和8年熊本地震は「特定非常災害」に指定されており、被災事業者は一定の要件を満たすことで、通常とは異なる消費税の取扱いを受けることができます。

特に重要なのが、次の3つの特例です。

被災した課税期間から、課税事業者や簡易課税制度を選択・変更できる特例
一定のインボイス発行事業者について、登録を早期に取り消せる特例
災害によってインボイスや帳簿を保存できなくなった場合の仕入税額控除の特例

例えば、震災によって工場や店舗が被害を受け、多額の修繕費や設備購入費が発生する場合、簡易課税制度をやめて一般課税を適用した方が有利になる可能性があります。

また、インボイス登録によって課税事業者となった小規模事業者について、被災により事業の継続が難しくなった場合には、登録を取り消して免税事業者へ戻れる場合があります。

本日は、令和8年熊本地震に係る消費税の災害特例について、具体的な適用要件、届出手続、注意点を解説します。

令和8年熊本地震は「特定非常災害」に指定

令和8年熊本地震は、2026年7月28日に発生しました。

政府は、この地震による被害を踏まえ、令和8年熊本地震を「特定非常災害」に指定しました。

特定非常災害とは、大規模な災害によって被害を受けた方の権利や利益を保護するため、法律に基づいて指定される災害です。

指定に伴い、行政上の手続の期限延長など、さまざまな特別措置が講じられます。

税務上も、申告・納付期限の延長に加えて、消費税に関する特例措置が設けられています。

＜消費税に関する主な特例＞

特例	主な内容
課税事業者の選択	被災した課税期間から課税事業者を選択できる場合がある
課税事業者の選択取りやめ	通常の継続適用要件によらず、選択をやめられる場合がある
簡易課税制度の選択	被災した課税期間から簡易課税を選択できる場合がある
簡易課税制度の取りやめ	被災した課税期間から一般課税へ変更できる場合がある
インボイス登録取消し	一定の被災事業者について早期取消しが可能
インボイス等の保存	災害による保存不能の場合、仕入税額控除が認められることがある

ただし、地震が特定非常災害に指定されたからといって、すべての事業者が無条件に特例を受けられるわけではありません。

実際に災害による被害を受けた事業者であることや、所定の届出を期限内に行うことなどが必要です。

課税事業者を選択・取りやめる場合の特例

通常、消費税の免税事業者が課税事業者となることを選択する場合には、原則として、その課税期間の開始前に「消費税課税事業者選択届出書」を提出する必要があります。

例えば、免税事業者が設備投資を行い、多額の仕入税額控除を受けようとする場合、課税事業者を選択することが考えられます。

しかし、災害によって突然設備の再取得や修繕が必要になった場合には、事前に届出を行うことができません。

このような事情に対応するため、令和8年熊本地震の被災事業者については、一定の要件の下で、被災した課税期間から課税事業者を選択できる特例が設けられています。

＜課税事業者の選択に関する比較＞

項目	通常の取扱い	熊本地震に係る災害特例
届出の時期	原則として課税期間開始前	所定の指定日まで
適用開始	原則として翌課税期間以後	被災した課税期間から適用可能な場合あり
選択後の継続	原則として一定期間継続	2年継続前でも取りやめ可能な場合あり

例えば、2026年7月に地震の被害を受けた個人事業主が、店舗の復旧のために設備を購入する場合を考えます。

通常であれば、2026年分の課税事業者を選択するためには、原則として2025年12月31日までに届出書を提出する必要があります。

しかし、今回の災害特例では、所定の要件を満たし、指定日までに届出を行うことにより、2026年分から課税事業者を選択できる場合があります。

ただし、実際に還付を受けられるかどうかは、課税売上げや課税仕入れの内容、設備の取得状況などによって異なります。

課税事業者を選択すれば必ず消費税が還付されるというわけではありません。

簡易課税制度を被災した課税期間から変更できる

災害特例で特に実務上の影響が大きいのが、簡易課税制度の選択・取りやめです。

簡易課税制度とは、一定の中小事業者について、売上げに係る消費税額を基に、みなし仕入率を使用して納付税額を計算する制度です。

原則として、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が、所定の届出を行うことにより適用できます。

通常、簡易課税制度を選択する場合には、原則として適用を受けようとする課税期間の開始前に届出を提出する必要があります。

また、いったん選択すると、原則として2年間は継続して適用する必要があります。

しかし、令和8年熊本地震により被災した事業者は、一定の要件を満たすことで、こうした通常の取扱いによらず、被災した課税期間から簡易課税制度を選択したり、取りやめたりすることができます。

＜災害特例の活用例＞

被災後の状況	検討する対応
帳簿書類が被災し、仕入税額の集計が難しい	簡易課税制度の選択
建物や設備が損壊し、多額の復旧費用が発生	簡易課税制度をやめ、一般課税を選択
被災後の事業状況が大きく変化	課税方式の変更による有利不利を比較

例えば、簡易課税制度を選択していた事業者が、地震によって損壊した設備を再取得する場合を考えます。

簡易課税制度では、実際の課税仕入れに係る消費税額を直接控除するわけではありません。

そのため、多額の設備投資を行なった場合、一般課税を適用した方が有利になることがあります。

今回の特例を利用すれば、被災した課税期間から一般課税へ変更できる場合があります。

ただし、一般課税と簡易課税のどちらが有利かは、売上げや仕入れの状況によって異なります。

変更前に税額を試算することが重要です。

2年間継続しなくても選択をやめられる場合がある

消費税の課税事業者選択や簡易課税制度の選択には、原則として2年間の継続適用に関する規定があります。

例えば、簡易課税制度を選択した事業者は、通常、選択した課税期間を含めて一定期間、制度を継続して適用する必要があります。

しかし、今回の災害特例では、一定の被災事業者について、2年間継続して適用する前であっても、課税事業者や簡易課税制度の選択を取りやめることができます。

これは、災害によって事業環境が大きく変化する場合に、通常の継続適用要件が事業者の負担となることを避けるための措置です。

ただし、実際に取りやめられる時期や必要な届出については、各制度の要件を確認する必要があります。

また、課税事業者の選択をやめる届出を提出しても、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えるなど、別の理由で課税事業者となる場合には、免税事業者にはなりません。

被災したインボイス発行事業者は登録を早期に取り消せる

今回の特例では、インボイス制度に関する取扱いも重要です。

インボイス発行事業者として登録している場合、原則として消費税の課税事業者となります。

そのため、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の小規模事業者であっても、登録を受けている限り、消費税の納税義務が生じます。

しかし、地震によって店舗や設備が損壊し、事業の継続が難しくなる場合があります。

このような事業者について、令和8年熊本地震に係る災害特例では、一定の要件の下で、インボイス登録を早期に取り消せる取扱いが設けられています。

＜登録取消しの主な要件＞

項目	内容
対象	熊本地震によって被災した一定のインボイス発行事業者
売上高要件	基準期間の課税売上高が1,000万円以下など、免税事業者となるための要件
届出	適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書
提出期限	所定の指定日まで
登録取消し	原則として届出書提出日の翌日
納税義務	一定の場合、届出書提出日の属する課税期間の初日から免除

この特例によって、通常よりも早い時期に登録を取り消すことが可能になります。

ただし、インボイス登録を取り消せば、必ず免税事業者になれるわけではありません。

基準期間の課税売上高や課税事業者の選択状況など、免税事業者となるための要件を別途確認する必要があります。

インボイス登録取消しで課税期間の初日から免税事業者となる場合

今回の特例では、インボイス登録の取消しと消費税の納税義務の判定時期が異なる点に注意が必要です。

インボイス登録については、原則として取消届出書を提出した日の翌日に登録が取り消されます。

一方、消費税の納税義務については、一定の要件を満たす場合、届出書を提出した日の属する課税期間の初日から免税事業者となる取扱いが認められています。

＜具体例：3月決算法人の場合＞

次の条件を仮定します。

A社は3月決算法人
2026年7月28日の熊本地震で被災
基準期間の課税売上高は1,000万円以下
インボイス登録以外に課税事業者となる理由はない
指定日までに登録取消届出書を提出
指定日が2027年3月31日までに到来する

この場合、A社は原則として2027年3月期の初日である2026年4月1日から免税事業者として取り扱われます。

＜課税期間の取扱い＞

項目	内容
事業年度	2026年4月1日～2027年3月31日
被災日	2026年7月28日
登録取消届出書	指定日までに提出
インボイス登録取消日	原則として届出書提出日の翌日
消費税の納税義務	2026年4月1日から免除される場合あり

ここで重要なのは、登録取消日の翌日から免税事業者になるという単純な取扱いではないことです。

インボイス登録の効力がなくなる日と、消費税の納税義務が免除される課税期間の開始日は、区別して判断する必要があります。

また、届出書の提出が翌事業年度となる場合などには、免税事業者となる課税期間も異なるため、個別に確認する必要があります。

登録取消し前に発行したインボイスは有効？

今回の特例で、取引先への影響を考える際に重要なのが、すでに発行したインボイスの取扱いです。

例えば、A社が2026年10月にインボイス登録取消届出書を提出し、所定の要件を満たした結果、2026年4月1日から免税事業者として取り扱われたとします。

この場合、2026年4月1日から10月の登録取消しまでの間に、A社が交付したインボイスはどうなるのでしょうか。

結論として、インボイス登録を受けてから取消しまでの間の取引について、適法に交付したインボイスは引き続き有効です。

そのため、買手は、そのインボイス等に基づいて、所定の要件を満たすことで仕入税額控除を受けることができます。

＜売手・買手の取扱い＞

項目	取扱い
売手の消費税の納税義務	特例により課税期間の初日から免除される場合あり
登録取消し前のインボイス	有効
買手の仕入税額控除	当該インボイス等に基づいて適用可能
登録取消し後の新たな取引	原則としてインボイスを発行できない

つまり、災害特例により売手が免税事業者となった場合でも、取消し前に交付されたインボイスが遡って無効になるわけではありません。

取引先が安心して仕入税額控除を行えるよう、登録取消日と取引日を確認することが重要です。

災害でインボイスを紛失した場合も仕入税額控除できる？

今回の熊本地震では、店舗や事務所の損壊、浸水、火災などによって、帳簿や請求書を失った事業者も考えられます。

通常、消費税の仕入税額控除を受けるためには、原則として帳簿とインボイス等を保存する必要があります。

しかし、消費税法では、災害その他やむを得ない事情によって帳簿や請求書等を保存できなかった場合について、一定の救済措置が設けられています。

例えば、次のようなケースです。

地震によって事務所が倒壊し、紙の請求書を失った
浸水によって帳簿や領収書が使用できなくなった
パソコンやサーバーが被災し、保存していた電子データを失った

こうした場合、災害によって帳簿や請求書等の保存ができなかったことが認められれば、保存がない課税仕入れについても仕入税額控除が認められる場合があります。

ただし、災害が発生したことだけで、すべての仕入税額控除が無条件に認められるわけではありません。

実際の仕入取引の内容や、書類を保存できなかった事情などを確認する必要があります。

売手が被災してインボイスを発行できなかった場合も対象

仕入税額控除の特例は、買手が帳簿やインボイスを紛失した場合だけではありません。

例えば、売手が地震によって被災し、請求書を発行するシステムや保存データを失ったため、買手にインボイスを交付できない場合があります。

このような場合、買手は本来保存すべきインボイスを受け取ることができません。

しかし、売手の被災によりインボイスを交付できず、買手が保存できなかった場合も、災害その他やむを得ない事情に該当すれば、仕入税額控除が認められます。

＜仕入税額控除が問題となるケース＞

状況	取扱い
買手が被災してインボイスを紛失	救済措置の対象となる場合あり
売手が被災してインボイスを交付できない	救済措置の対象となる場合あり
単に請求書を受け取り忘れた	災害特例の対象とは限らない
保存できなかった理由を説明できない	個別の事実確認が必要

このように、災害による書類の保存不能と、通常の管理不足による書類の紛失は区別する必要があります。

可能な範囲で取引先に請求書の再発行を依頼したり、銀行取引明細などの資料を利用したりして、取引内容を確認しておくとよいでしょう。

特例を受けるための「指定日」とは？

今回の災害特例では、届出書を提出する期限として「指定日」が重要になります。

指定日とは、令和8年熊本地震に伴う申告・納付期限の延長措置などに応じて定められる日です。

指定日は、すべての被災事業者について一律に同じ日になるとは限りません。

例えば、国税庁が地域を指定して申告・納付期限を延長した場合と、個別の申請によって期限の延長を受けた場合では、適用される指定日が異なることがあります。

＜指定日の考え方＞

事業者の区分	主な確認事項
地域指定による期限延長の対象者	国税庁が告示する延長後の期限等
個別に期限延長を受けた事業者	税務署長が指定した期限
その他の一定の被災事業者	国税庁が定める指定日

令和8年熊本地震については、2026年8月12日に、熊本県の一部地域を対象とする国税の申告・納付期限の延長が公表されています。

対象地域は、八代市、宇土市、宇城市、八代郡氷川町です。

これらの地域に納税地がある方については、原則として2026年7月28日以後に到来する国税の申告・納付等の期限が延長されています。

また、指定地域以外に納税地がある方でも、地震により被災し、申告・納付ができない場合には、個別の期限延長を受けられることがあります。

したがって、災害特例の利用を検討する場合には、自社・自身に適用される指定日を確認する必要があります。

届出書の「参考事項」欄には何を書く？

令和8年熊本地震に係る消費税の災害特例を受ける場合には、必要な届出書を所轄税務署長に提出します。

対象となる主な届出書は次のとおりです。

特例の内容	主な届出書
課税事業者を選択	消費税課税事業者選択届出書
課税事業者の選択をやめる	消費税課税事業者選択不適用届出書
簡易課税制度を選択	消費税簡易課税制度選択届出書
簡易課税制度をやめる	消費税簡易課税制度選択不適用届出書
インボイス登録を取り消す	適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書

今回の特例では、届出書の「参考事項」欄に、令和8年熊本地震の被災事業者である旨を記載することとされています。

例えば、次のような記載が考えられます。

「令和8年熊本地震の被災事業者」

この記載によって、災害特例による届出であることを明らかにします。

ただし、参考事項欄にその旨を記載すれば、必ず特例の適用が認められるというわけではありません。

必要な適用要件や指定日までの提出を確認する必要があります。

課税方式を変更する場合は税額シミュレーションも重要

災害によって簡易課税制度をやめたり、課税事業者を選択したりできるとしても、実際に変更すべきかどうかは税額の比較が必要です。

例えば、簡易課税制度を利用している事業者が、被災によって多額の修繕費を支出したとします。

簡易課税制度では、原則として実際の課税仕入れに係る消費税額ではなく、みなし仕入率を使用します。

そのため、設備購入や修繕費が多額になる場合には、一般課税の方が有利になる可能性があります。

一方、修繕費の一部が保険金や補助金で賄われる場合や、そもそも課税仕入れに該当しない支出がある場合などには、想定した結果と異なることもあります。

＜比較する主な項目＞

確認項目	内容
売上げ	課税売上高と適用税率
修繕費	課税仕入れとなる金額
設備購入	調整対象固定資産等への該当性
保険金	消費税の課税対象となるか
補助金	消費税の課税対象となるか
簡易課税制度	事業区分とみなし仕入率
一般課税	実際の控除対象仕入税額
継続適用	災害特例による選択・取りやめの可否

特に、設備の取得がある場合には、消費税の課税事業者の選択・継続適用に関する規定が複雑になることがあります。

特例の適用要件とあわせて、将来の課税期間への影響も確認しておきましょう。

13．被災事業者が確認したい実務チェックリスト

確認事項	チェック内容
被災状況	地震による被害の内容を整理したか
納税地	地域指定による期限延長の対象か
指定日	適用される届出期限を確認したか
課税事業者	選択・取りやめの必要性を検討したか
簡易課税	選択・取りやめの有利不利を試算したか
インボイス登録	登録取消しの対象となるか
売上高要件	基準期間の課税売上高を確認したか
他の課税事由	インボイス登録以外に課税事業者となる理由がないか
届出書	所定の書類を準備したか
参考事項欄	熊本地震の被災事業者である旨を記載したか
インボイス	登録取消日までの取引を把握しているか
帳簿書類	災害による紛失・保存不能の状況を確認したか
取引先	必要に応じて請求書の再発行を依頼したか
証拠資料	被災状況や取引内容を説明できる資料を保存したか

災害時には事業の復旧が最優先になりますが、税務上の届出期限を過ぎてしまうと、希望する課税方式を選択できなくなる可能性があります。

そのため、被災後の事業状況や必要な設備投資を踏まえ、早めに対応方針を検討することが重要です。

よくある質問

Q. 令和8年熊本地震では消費税の特例を受けられますか？

A. 令和8年熊本地震は特定非常災害に指定されているため、被災事業者について、課税事業者や簡易課税制度の選択・取りやめ、インボイス登録取消しなどの特例が設けられています。ただし、各特例には所定の要件があります。

Q. 簡易課税制度を2026年分からやめることはできますか？

A. 災害によって必要が生じ、所定の要件を満たした場合には、被災した課税期間から簡易課税制度の適用をやめられる場合があります。個人事業者であれば、2026年分について検討することになります。

Q. 簡易課税制度を2年間継続していなくてもやめられますか？

A. 今回の災害特例では、一定の要件を満たせば、通常の2年間の継続適用要件によらず、選択をやめられる場合があります。

Q. インボイス登録を取り消すと、すぐに免税事業者になりますか？

A. 登録取消しの効力は、原則として届出書の提出日の翌日から生じます。ただし、消費税の納税義務については、所定の要件を満たせば、届出書を提出した日の属する課税期間の初日から免除される場合があります。

Q. 登録取消し前に発行したインボイスは無効になりますか？

A. いいえ。災害特例によって課税期間の初日から免税事業者として取り扱われる場合でも、登録を受けてから取消しまでの間の取引について適法に交付されたインボイスは有効です。買手は、そのインボイス等に基づいて仕入税額控除を受けられます。

Q. 地震で帳簿やインボイスを紛失した場合、仕入税額控除は認められますか？

A. 災害その他やむを得ない事情により、帳簿やインボイス等を保存できなかった場合には、仕入税額控除が認められることがあります。ただし、実際に災害によって保存できなかった事情や、取引内容を確認する必要があります。

Q. 売手が被災してインボイスを発行できない場合は？

A. 売手の被災によってインボイスを交付できず、買手が保存できなかった場合も、災害その他やむを得ない事情に該当すれば、仕入税額控除が認められる場合があります。

Q. 届出書はいつまでに提出すればよいですか？

A. 令和8年熊本地震に係る災害特例では、原則として所定の「指定日」までに提出する必要があります。指定日は、申告・納付期限の延長措置や納税地の状況によって異なる場合があるため、国税庁の公表情報や所轄税務署で確認してください。

まとめ

令和8年熊本地震で被災した事業者については、消費税の課税方式やインボイス登録に関する特例が設けられています。

今回の重要なポイントは次のとおりです。

2026年7月28日に発生した熊本地震は、特定非常災害に指定されている
被災した課税期間から課税事業者を選択・取りやめできる場合がある
被災した課税期間から簡易課税制度を選択・取りやめできる場合がある
所定の災害特例では、通常の2年間の継続適用要件によらず選択をやめられる場合がある
一定の小規模なインボイス発行事業者は、登録を早期に取り消せる
インボイス登録の取消しは原則として届出書提出日の翌日
消費税の納税義務は、一定の場合に課税期間の初日から免除される
登録取消し前に適法に交付したインボイスは引き続き有効
災害で帳簿やインボイスを保存できなかった場合も、仕入税額控除が認められることがある
特例の利用には、原則として所定の指定日までの届出が必要
届出書の参考事項欄には、熊本地震の被災事業者である旨を記載する

特に重要なのは、通常の消費税の届出期限を過ぎていても、災害特例によって課税方式を変更できる場合があるという点です。

また、被災したインボイス発行事業者については、登録の早期取消しや免税事業者への移行が認められる場合があります。

ただし、いずれの特例も、被災状況や課税売上高、過去の届出状況、指定日などによって適用関係が変わります。

被災した事業者は、復旧費用や設備投資の見込みを踏まえて消費税額を試算するとともに、届出期限を確認し、適切な手続を行なうことが重要です。

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【この記事の執筆者】

安田亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。