防衛特別法人税の納付手続を解説｜納付書以外のe-Tax・ダイレクト納付・一括納付の注意点

おはようございます！代表の安田です。

令和8年4月1日以後に開始する事業年度から、法人税・地方法人税に加えて、防衛特別法人税の申告・納付が始まります。

新しい税目が加わると、申告書の作成だけでなく、実際の納付手続にも注意が必要です。

防衛特別法人税については、納付書で納付する場合の記載方法が注目されがちですが、実務では納付書を使わず、e-Taxの受信通知からダイレクト納付する方法や、インターネットバンキングで納付する方法、グループ通算法人の一括ダイレクト機能、さらにダイレクト分納などを利用するケースもあります。

ここで注意したいのが、令和9年5月までの暫定的な取扱いでは、納付方法によって税目や申告区分の表示・入力方法が異なることです。

本日は、防衛特別法人税について、納付書以外の納付手続を中心に、経理担当者や会計事務所が確認しておきたいポイントを整理します。

防衛特別法人税とは？

防衛特別法人税は、法人税に関連して新たに設けられた税目です。

令和8年4月1日以後に開始する事業年度から、対象法人は法人税・地方法人税に加えて、防衛特別法人税についても申告・納付を行なう必要があります。

新設税目であるため、初年度は申告書だけでなく、納付手続でも混乱が生じやすいと考えられます。

特に、令和9年5月までの納付手続では、システム上、防衛特別法人税が単独の税目として表示されない場面があります。そのため、納付方法ごとの入力内容を確認しておくことが重要です。

納付書以外にも複数の納付方法がある

防衛特別法人税の納付方法には、紙の納付書による方法だけでなく、e-Tax等を利用した複数の方法があります。主なものは次のとおりです。

• e-Taxの受信通知から納付する方法

• グループ通算法人に係る一括ダイレクト機能から納付する方法

• ダイレクト納付による分割納付、いわゆるダイレクト分納

• 納税の猶予・換価の猶予に関する手続

• インターネットバンキングによる納付

これらの手続では、防衛特別法人税であっても、画面上の税目や申告区分をどのように選ぶかがポイントになります。

e-Taxの受信通知から納付する方法

まず、e-Taxで申告書を送信した後に、メッセージボックスへ格納される受信通知から納付する方法です。

e-Taxで申告書を送信すると、メッセージボックスに受信通知が格納されます。この受信通知から、ダイレクト納付やインターネットバンキングなどの納付手続へ進むことができます。

防衛特別法人税についても、e-Taxの受信通知から納付する方法が利用できます。

この場合、受信通知から遷移する「納付情報登録依頼」画面では、申告内容が引き継がれて表示されます。そのため、画面上で次の点を確認します。

• 税目が「法人税」となっているか

• グループ通算法人の場合は「法人税（通算）」となっているか

• 申告区分が「その他」となっているか

ここで「防衛特別法人税」という税目を探してしまうと、かえって迷う可能性があります。令和9年5月までの取扱いでは、受信通知からの納付において、税目は法人税または法人税（通算）、申告区分はその他として扱う点を押さえておきましょう。

納付区分番号通知から納付する

納付情報登録依頼を行なうと、その後、メッセージボックスに納付区分番号通知が格納されます。実際の納付は、この納付区分番号通知から行ないます。

つまり、受信通知から直接すべてが完了するというより、受信通知から納付情報登録依頼を行い、その後に格納される納付区分番号通知から納付を進める、という流れです。

初年度は手順を間違えやすいため、会計事務所や経理担当者は、申告送信後にメッセージボックスを確認する運用を徹底しておくと安心です。

会計ソフト等から申告した場合は入力が必要

e-TaxのWeb版ではなく、会計ソフトや税務申告ソフトなど、e-Tax以外の方法で申告書を送信した場合には注意が必要です。

この場合、納付情報登録依頼画面に申告内容が自動で引き継がれないことがあります。

そのため、納付情報登録依頼画面で、税目や申告区分などを自分で入力する必要があります。

防衛特別法人税の納付であっても、令和9年5月までの取扱いでは、税目は法人税または法人税（通算）、申告区分はその他として入力することになります。

会計ソフトで申告した後に、納付だけe-Tax側で行う場合には、申告内容と納付情報が一致しているかを必ず確認しましょう。

グループ通算法人の一括ダイレクト機能

グループ通算法人については、一括ダイレクト機能を利用して納付する方法があります。

この場合、e-TaxのWeb版にある「一括納付情報登録」メニューを使用します。

防衛特別法人税を一括ダイレクト機能で納付する場合には、次のように入力します。

• 申告区分は「その他」

• 法人税（通算）欄に防衛特別法人税額を入力

• 地方法人税（通算）欄には「0」を入力

ここは、かなり実務上間違えやすいポイントです。

防衛特別法人税なのに、法人税（通算）欄に税額を入力することになります。また、地方法人税（通算）欄には防衛特別法人税額を入れず、「0」と入力します。

グループ通算制度を適用している法人では、親法人側で各社分の納付情報を取りまとめることもあるため、事前に入力ルールを共有しておくことが重要です。

ダイレクト分納を利用する場合

防衛特別法人税について、ダイレクト納付による分割納付、いわゆるダイレクト分納を利用する場合にも、税目と申告区分に注意が必要です。

e-TaxのWeb版等でダイレクト分納の手続を行なう場合、令和9年5月までの取扱いでは、次のように設定します。

• 税目は「法人税」

• グループ通算法人の場合は「法人税（通算）」

• 申告区分は「その他」

防衛特別法人税という名称の税目を選択するのではなく、法人税または法人税（通算）を使い、申告区分をその他にする点がポイントです。

納税の猶予・換価の猶予でも同様

納税の猶予や換価の猶予を利用する場合も、基本的な考え方は同じです。

e-TaxのWeb版等による手続上、防衛特別法人税については、税目を法人税または法人税（通算）とし、申告区分をその他とします。

猶予関係の手続は、納付が困難な場合に重要になる制度です。ただし、入力内容を誤ると、対象税目や申告区分の整理で手戻りが生じる可能性があります。

防衛特別法人税について猶予を検討する場合には、税務署や税理士に確認しながら進めることが望ましいでしょう。

納付書納付との違い

紙の納付書で防衛特別法人税を納付する場合には、納付書の税目欄に「防衛特別法人税」と記載する取扱いがあります。

一方、納付書以外のe-Tax関連手続では、税目が「法人税」または「法人税（通算）」、申告区分が「その他」となる場面があります。

この違いが、初年度の実務で混乱しやすいところです。

つまり、同じ防衛特別法人税であっても、納付書では防衛特別法人税と記載する一方で、e-Tax等の一部手続では法人税または法人税（通算）として扱い、申告区分をその他にするという整理になります。

なぜこのような取扱いになるのか

防衛特別法人税は新設税目であり、令和9年5月までの納付手続では、システム上の暫定的な対応が行なわれていると考えられます。

そのため、納付書では防衛特別法人税と明記する一方、e-Tax等のシステム画面では既存の法人税や法人税（通算）の枠を使い、申告区分をその他として処理する場面があります。

実務上は、税目名だけを見て判断するのではなく、国税庁が示している納付方法ごとの入力方法に従うことが重要です。

納税証明書の交付請求は窓口対応に注意

納税証明書の交付請求についても注意点があります。

令和9年5月までの間、防衛特別法人税に関する納税証明書の交付請求については、e-Taxによる方法ではなく、税務署等の窓口で交付請求を行なうよう国税庁が呼び掛けているとされています。

納税証明書は、金融機関への提出、入札参加、補助金申請、取引先への提出などで必要になることがあります。

防衛特別法人税の納付後に納税証明書が必要となる場合には、通常のe-Tax請求ではなく、税務署窓口での手続を想定しておく必要があります。

期限がある手続で納税証明書が必要な場合は、早めに税務署へ確認しておきましょう。

実務で誤りやすいポイント

防衛特別法人税の納付手続では、次のようなミスが起こりやすいと考えられます。

• e-Tax画面で「防衛特別法人税」を探してしまう

納付書では防衛特別法人税と記載するため、e-Tax画面でも同じ税目を探してしまいがちです。しかし、令和9年5月までのe-Tax手続では、法人税または法人税（通算）を使い、申告区分をその他とする場面があります。

• 申告区分を通常の確定申告として処理してしまう

防衛特別法人税の納付では、申告区分を「その他」とする手続があります。法人税の通常申告と同じ感覚で処理しないよう注意が必要です。

• グループ通算法人で入力欄を間違える

一括ダイレクト機能では、法人税（通算）欄に防衛特別法人税額を入力し、地方法人税（通算）欄には0を入力します。地方法人税欄に誤って入力しないよう注意しましょう。

• 会計ソフトから送信した後の納付情報登録を確認しない

会計ソフト等から申告した場合、納付情報が自動で引き継がれないことがあります。納付情報登録依頼画面で税目・申告区分・金額を確認しましょう。

• 納税証明書をe-Taxで請求しようとする

令和9年5月までの防衛特別法人税に関する納税証明書は、税務署等の窓口での交付請求が呼び掛けられています。

経理担当者が確認したいチェックリスト

防衛特別法人税の納付手続に備えて、経理担当者は次の点を確認しておくと安心です。

• 防衛特別法人税の申告・納付が必要な事業年度か

• 納付方法は納付書か、e-Taxの受信通知からの納付か

• ダイレクト納付を利用するか

• インターネットバンキングで納付するか

• グループ通算法人で一括ダイレクト機能を使うか

• 税目が法人税または法人税（通算）となっているか

• 申告区分がその他となっているか

• グループ通算法人では法人税（通算）欄に防衛特別法人税額を入力しているか

• 地方法人税（通算）欄に0を入力しているか

• 納税証明書が必要な場合、税務署窓口での請求を予定しているか

新しい税目の初年度は、ちょっとした入力ミスが起こりやすいものです。納付直前だけでなく、申告書作成段階から納付方法を決めておくとスムーズです。

まとめ

防衛特別法人税については、令和9年5月までの納付手続において、納付方法ごとに税目や申告区分の取扱いが異なります。

納付書による納付では、税目に防衛特別法人税を記載する取扱いがあります。一方、納付書以外の方法として、e-Taxの受信通知から納付する方法、グループ通算法人に係る一括ダイレクト機能から納付する方法、ダイレクト分納、納税の猶予・換価の猶予などがあります。

e-Taxの受信通知から納付する場合、納付情報登録依頼画面では、税目が法人税、グループ通算法人では法人税（通算）、申告区分がその他となっているかを確認します。会計ソフト等から申告書を送信した場合には、申告内容が引き継がれないことがあるため、納付情報登録依頼画面で税目や申告区分等を入力する必要があります。

グループ通算法人の一括ダイレクト機能では、申告区分をその他とし、法人税（通算）欄に防衛特別法人税額を入力し、地方法人税（通算）欄には0を入力します。

また、納税の猶予、換価の猶予、ダイレクト分納を利用する場合も、手続上は税目を法人税または法人税（通算）、申告区分をその他とします。

なお、令和9年5月までの間、防衛特別法人税に関する納税証明書の交付請求については、e-Taxではなく税務署等の窓口で行なうよう案内されています。

防衛特別法人税は新しい税目であるため、初年度は納付方法ごとの画面表示や入力内容に戸惑いやすい分野です。法人税の申告書作成だけでなく、納付情報登録、ダイレクト納付、一括納付、納税証明書の取得まで、事前に流れを確認しておきましょう。