2026年10月開始「保険料調整制度」とは？対象者・企業負担・源泉徴収の取扱いを解説

おはようございます！代表の安田です。

2026年10月1日から、短時間労働者の社会保険料負担を軽減する「保険料調整制度」が始まります。

この制度は、社会保険に新たに加入する一定のパート・アルバイトなどについて、本人が負担する健康保険料・厚生年金保険料の一部を、事業主が一時的に多く負担する仕組みです。

健康保険料と厚生年金保険料は、原則として事業主と従業員が半分ずつ負担します。通常、従業員が負担すべき社会保険料を会社が代わりに支払えば、その金額は従業員が受けた経済的利益として給与課税される可能性があります。

しかし、保険料調整制度に基づいて事業主の負担割合を50％よりも増やした部分については、給与等に該当せず、所得税の源泉徴収は不要とされることが明らかになりました。

本日は、保険料調整制度の対象となる会社・従業員、保険料の負担割合、給与計算や源泉徴収の注意点を解説します。

保険料調整制度とは

保険料調整制度は、社会保険の適用拡大によって新たに健康保険・厚生年金保険へ加入する一定の短時間労働者について、社会保険料の本人負担を軽減する制度です。

制度を利用すると、通常は労使折半となる社会保険料について、事業主の負担割合を一時的に増やし、従業員の負担割合を減らすことができます。

軽減を受けられる期間は通算3年間です。

事業主は従業員の軽減分をいったん追加で負担しますが、一定期間の経過後にその追加負担分が調整されます。このため、最終的に事業主が納付する保険料総額は増加しません。また、従業員が将来受け取る厚生年金の金額にも影響しない仕組みです。

なぜ保険料調整制度が設けられたのか

短時間労働者に対する社会保険の適用範囲は、今後段階的に拡大されます。

社会保険へ加入すると、老齢厚生年金に加え、傷病手当金や出産手当金などの保障を受けられる可能性があります。一方、健康保険料と厚生年金保険料が給与から控除されるため、加入直後は手取り額が減少します。

この負担増を理由として、労働時間を減らす「就業調整」が行なわれることも考えられます。そこで、新たに社会保険の加入対象となる一定の短時間労働者について、加入後3年間の本人負担を段階的に軽減する制度が設けられました。

2026年10月から対象になる事業所

2026年10月1日以後、まず対象になり得るのは、同日以後に新たに「任意特定適用事業所」となる事業所です。

任意特定適用事業所とは、本来は短時間労働者への社会保険の適用が義務付けられていない企業が、労使の合意により、短時間労働者も健康保険・厚生年金保険へ加入させる事業所です。

ただし、2026年9月30日以前にすでに任意特定適用事業所となっている事業所は、保険料調整制度の対象外です。

2027年10月以後は、企業規模要件の段階的な縮小によって新たに社会保険の適用対象となる事業所も、原則として制度の対象になります。

適用拡大の時期	新たに対象となる主な事業所
2026年10月	同日以後に任意特定適用事業所となる事業所
2027年10月	厚生年金保険の被保険者数36～50人の事業所
2029年10月	同21～35人の事業所
2032年10月	同11～20人の事業所
2035年10月	同10人以下の事業所

企業規模の判定に用いる「従業員数」は、単純な全従業員数ではなく、厚生年金保険の被保険者数を基礎とする点に注意が必要です。

保険料調整制度の対象となる従業員

制度の対象となるのは、短時間労働者として健康保険・厚生年金保険へ新たに加入する人のうち、標準報酬月額が12万6,000円以下の人です。

短時間労働者としての社会保険加入では、一般に次のような要件を確認します。

• 週の所定労働時間が20時間以上である

• 通常の労働者の所定労働時間・日数の4分の3未満である

• 2か月を超えて使用される見込みがある

• 学生ではない

• 対象となる事業所に勤務している

保険料調整制度では、これらの加入要件に加えて、標準報酬月額が12万6,000円以下であることが必要です。

標準報酬月額12万6,000円は、実際の報酬月額では、おおむね12万2,000円以上13万円未満の等級に対応します。

保険料の負担割合は標準報酬月額によって異なる

保険料調整制度を利用した場合の負担割合は、全員一律ではありません。

標準報酬月額が低い従業員ほど、加入当初の本人負担が大きく軽減される仕組みです。

標準報酬月額	報酬月額	1・2年目の負担割合（本人：事業主）	3年目の負担割合
8万8,000円以下	9万3,000円未満	25：75	37.5：62.5
9万8,000円	9万3,000円以上10万1,000円未満	30：70	40：60
10万4,000円	10万1,000円以上10万7,000円未満	36：64	43：57
11万円	10万7,000円以上11万4,000円未満	41：59	45.5：54.5
11万8,000円	11万4,000円以上12万2,000円未満	45：55	47.5：52.5
12万6,000円	12万2,000円以上13万円未満	48：52	49：51

制度利用の1年目と2年目は本人負担を大きく軽減し、3年目には軽減割合が半分になります。3年間が終了した後は、原則どおり本人と事業主が50％ずつ負担します。

具体例：本人負担が月額1万2,500円の場合

通常の保険料負担が次の金額であるケースを考えます。

• 従業員負担：12,500円

• 事業主負担：12,500円

• 合計保険料：25,000円

保険料調整制度によって本人負担を50％軽減する場合、負担額は次のようになります。

負担者	通常時	制度利用時
従業員	12,500円	6,250円
事業主	12,500円	1万8,750円
合計	25,000円	2万5,000円

事業主が追加で負担する6,250円は、後に制度上の調整を受けるため、最終的な企業負担が6,250円増えるわけではありません。

原則として従業員分の保険料を会社が払えば給与課税

会社が従業員の個人的な費用を負担した場合、その従業員には経済的利益が生じます。

健康保険料や厚生年金保険料も、法律上従業員が負担すべき部分を会社が任意に肩代わりすれば、原則として給与等に該当し、所得税の源泉徴収が必要になると考えられます。

例えば、本来は会社と従業員が50％ずつ負担すべきところ、特別な制度上の根拠がないまま会社が70％を負担し、従業員を30％負担とした場合です。

会社が任意に肩代わりした20％相当額は、従業員に対する給与として取り扱われる可能性があります。

制度に基づく事業主の追加負担は源泉徴収不要

保険料調整制度では、法律に基づいて事業主の保険料負担割合を増やします。

この追加負担部分は、従業員が負担すべき保険料を会社が任意に肩代わりしたものではなく、制度上「事業主が負担すべき保険料」として位置付けられます。

このため、50％を超える事業主の追加負担部分についても、従業員に対する給与等には該当せず、所得税の源泉徴収は不要とされています。健康保険料だけでなく、厚生年金保険料についても同様です。

前述の例であれば、事業主が追加負担する6,250円について給与課税する必要はありません。したがって、従業員の課税給与へ6,250円を加算したり、その金額から所得税を源泉徴収したりする必要はないことになります。

健康保険組合が事業主負担を増やす場合と同じ考え方

健康保険料は労使折半が原則ですが、健康保険組合の規約によって、事業主の負担割合を2分の1より多くすることが認められています。

国税庁は、健康保険組合の規約に基づいて増加した事業主負担分について、法律上の「事業主が負担すべき保険料」であるため、従業員に対する経済的利益には該当しないとの取扱いを示しています。

保険料調整制度についても、法律に基づいて事業主負担割合を増やすことから、これと同様に給与課税しない取扱いになると整理されています。

給与計算で注意したいポイント

• 課税支給額には加算しない

制度に基づく追加負担分は、給与等に該当しません。

そのため、給与明細上の基本給や手当などの課税支給額へ加算せず、源泉所得税や雇用保険料の計算対象に誤って含めないよう注意が必要です。

ただし、給与明細にどのように表示するかについては、給与計算ソフトの仕様や今後公表される実務案内も確認する必要があります。

• 社会保険料の控除額を変更する

従業員の給与から控除する健康保険料・厚生年金保険料は、制度適用後の本人負担額に変更します。通常の50％相当額をそのまま控除すると、従業員の負担が軽減されないため、対象者・適用開始月・標準報酬月額ごとの負担割合を正確に登録しなければなりません。

• 3年目には負担割合が変わる

制度利用の3年目には、本人負担の軽減割合が半分になります。

1・2年目と同じ控除額を続けないよう、給与計算システムに変更時期を登録し、事前にチェックできる仕組みを整えておく必要があります。

• 標準報酬月額の変更を管理する

昇給や労働時間の増加によって標準報酬月額が変わると、適用する負担割合も変わる可能性があります。算定基礎届や月額変更届の結果を給与計算へ正しく反映し、対象範囲から外れていないかを確認しましょう。

「社会保険適用促進手当」とは別の制度

短時間労働者の社会保険加入を支援する仕組みとしては、「社会保険適用促進手当」もあります。

社会保険適用促進手当は、社会保険への加入による本人負担を軽減するため、会社が従業員へ手当を支給する仕組みです。

これに対して保険料調整制度は、現金の手当を支給するのではなく、健康保険料・厚生年金保険料そのものの事業主負担割合を変更します。

項目	保険料調整制度	社会保険適用促進手当
支援方法	社会保険料の本人負担を減らす	従業員へ手当を支給する
従業員への現金支給	なし	あり
所得税	追加負担分は給与課税なし	原則として給与課税
事業主の最終負担	追加負担分は後に調整	原則として企業負担
実施期間	通算3年間	会社の制度設計による

名称や目的が似ていますが、給与課税や会社負担の考え方は異なります。

会社の会計処理は今後の案内も確認する

保険料調整制度では、会社がいったん従業員の軽減分を追加負担し、その後に保険料の調整を受けます。

そのため、実際の会計処理では、通常の法定福利費と追加負担分、後日行われる調整額を区分して管理する必要が生じると考えられます。

ただし、2026年7月時点では、日本年金機構は申出書の様式や具体的な手続について、厚生労働省から示され次第公表すると案内しています。仕訳方法や精算時期については、今後の正式な事務取扱いを確認したうえで決定するのが安全です。

制度を利用するためには事業主の申出が必要

保険料調整制度は、対象となる従業員がいれば自動的に適用される制度ではありません。

事業所が制度の対象となった日から2年以内に、事業主が年金事務所等へ申し出る必要があります。

申出を行なうかどうかについては、会社側で判断することになります。

制度の利用を検討する場合には、次の事項をあらかじめ整理しておきましょう。

• 自社が対象事業所に該当するか

• 新たに社会保険へ加入する短時間労働者は誰か

• 対象者の標準報酬月額

• 対象者ごとの保険料負担割合

• 制度適用の開始日

• 3年間の負担割合の変更時期

• 給与計算ソフトの対応状況

• 従業員への説明方法

• 申出書の提出期限

従業員への説明も重要

保険料調整制度を導入すると、対象となる従業員は社会保険に加入する一方、加入当初の保険料負担が軽減されます。

しかし、軽減措置は永久に続くものではありません。

1・2年目、3年目、4年目以後で本人負担が段階的に増えるため、制度導入時には、将来の手取り額の変化まで説明することが重要です。

説明資料には、少なくとも次の内容を記載するとよいでしょう。

• 健康保険・厚生年金保険へ加入すること

• 給与から控除される保険料

• 1・2年目の軽減額

• 3年目の軽減額

• 4年目以後は原則として労使折半となること

• 将来の年金額は軽減によって減らないこと

• 健康保険の給付を受けられること

会社が独自に保険料を肩代わりする場合との違い

保険料調整制度の対象外である従業員について、会社が独自の判断で本人負担分を肩代わりしても、同じ非課税処理が認められるとは限りません。

制度上の根拠なく、従業員が負担すべき保険料を会社が支払った場合、その金額は原則として給与等に該当する可能性があります。

したがって、次のような対応は区別する必要があります。

• 保険料調整制度に基づく追加負担

• 健康保険組合の規約に基づく事業主負担

• 会社が任意に行う従業員負担分の肩代わり

• 社会保険適用促進手当として支給する現金

「会社が社会保険料を多く負担した」という結果だけで判断せず、どの法律・規約・制度に基づく負担なのかを確認することが重要です。

まとめ

2026年10月1日から始まる保険料調整制度は、新たに社会保険へ加入する一定の短時間労働者について、健康保険料・厚生年金保険料の本人負担を通算3年間軽減する制度です。

主なポイントは次のとおりです。

• 対象者は短時間労働者として加入する標準報酬月額12万6,000円以下の人

• 2026年10月以後に任意特定適用事業所となる事業所から制度が開始

• 2027年10月以後は企業規模要件の縮小に合わせて対象が拡大

• 事業主が従業員の軽減分を一時的に追加負担する

• 追加負担分は後に調整され、最終的な会社負担は増えない

• 従業員の将来の年金額には影響しない

• 制度上の追加負担分は給与等に該当せず、源泉徴収は不要

• 制度の利用には、対象となった日から2年以内の申出が必要

• 給与計算では課税給与へ加算せず、本人控除額を正しく変更する

保険料調整制度は、社会保険の適用拡大による従業員の急激な手取り減少を抑える一方、給与計算や対象者管理を複雑にする制度でもあります。

利用を検討する企業は、対象者の抽出、標準報酬月額ごとの負担割合、給与システムの設定、従業員への説明、申出期限を早めに確認しておきましょう。

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【この記事の執筆者】

安田 亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所 代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。