産業医報酬の源泉所得税と消費税｜個人医師・医療法人で取扱いが変わるポイントを税理士が解説

こんにちは！代表の安田です。

従業員の健康管理のため、産業医を選任する会社は少なくありません。

特に、従業員数が増えてきた会社では、労働安全衛生法上の対応として産業医との契約が必要になることがあります。

このとき経理担当者が迷いやすいのが、産業医に支払う報酬の税務処理です。

• 産業医への支払いは給与なのか、外注費なのか

• 源泉所得税は必要なのか

• 消費税は課税なのか、不課税なのか

• 福利厚生費で処理してよいのか

• 契約先が個人医師か医療法人かで違うのか

産業医報酬は、医師に支払う費用であるため医療費のように考えがちですが、税務上は契約形態や支払先によって取扱いが変わります。

本日は、産業医報酬の源泉所得税・消費税・勘定科目の考え方について、税理士の視点からわかりやすく解説します。

産業医とは

産業医とは、事業場において労働者の健康管理等を行なう医師です。

従業員の健康診断、長時間労働者への面談、職場環境の確認、衛生委員会への参加、休職・復職に関する助言など、従業員の健康管理に関わる業務を担います。

会社にとっては、従業員の安全配慮義務や健康管理体制を整えるうえで重要な存在です。

ただし、税務処理では、単に「医師に支払う費用」として一律に処理するのではなく、誰に支払っているのか、どのような契約なのかを確認する必要があります。

個人医師に支払う産業医報酬は原則として給与

産業医報酬でまず注意したいのは、個人の医師に直接支払う場合です。

国税庁の質疑応答事例では、個人の医師が事業者から支払を受ける産業医としての報酬は、所得税法上、原則として給与に該当するものとして取り扱われるとされています。

つまり、個人医師に産業医報酬を支払う場合、会社側では給与として源泉徴収を行うのが原則です。

• 医師に支払うから報酬料金

• 業務委託契約だから外注費

• 請求書が来ているから支払手数料

といった理由だけで、源泉徴収をしない処理にするのは危険です。

産業医業務は、会社の従業員の健康管理という会社内部の業務に関わるものであり、税務上は給与として整理されることが多い点に注意しましょう。

源泉所得税は給与として計算する

個人医師に支払う産業医報酬が給与に該当する場合、会社は給与支払者として源泉所得税を徴収する必要があります。

この場合、通常の給与と同じように、給与所得の源泉徴収税額表を使って源泉所得税を計算します。

専属の産業医として勤務しており、その会社に「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出している場合には、原則として甲欄で計算します。

一方、他に勤務先がある医師や開業医で、その会社には扶養控除等申告書を提出していない場合には、通常は乙欄で計算することになります。

非常勤の産業医や月1回訪問の産業医では、他に主たる勤務先があるケースが多いため、乙欄で源泉徴収する場面が多いです。

源泉徴収を失念すると、後日の税務調査で会社側に源泉所得税の納付漏れを指摘される可能性があります。

「手取り契約」は会社負担が大きくなりやすい

産業医との契約では、「月額10万円を手取りで支払う」といった形になっていることがあります。

しかし、手取り額を保証する契約は注意が必要です。

給与として源泉徴収が必要な場合、医師に10万円を手取りで渡すためには、源泉所得税を控除する前の額面給与を逆算する必要があります。

つまり、契約書上は10万円でも、会社の実際の負担額は10万円を超えることになります。

源泉所得税を会社が別途負担する形になるため、人件費が想定より大きくなることがあります。

産業医契約を締結する際には、報酬額が「額面」なのか「手取り」なのかを必ず確認しておきましょう。

実務上は、税務処理を明確にするためにも、額面給与として契約する方が管理しやすいです。

個人医師への産業医報酬は消費税の対象外

個人医師に支払う産業医報酬が給与に該当する場合、消費税の課税対象にはなりません。

消費税は、事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡、貸付け、役務の提供などを対象とします。

一方、給与は雇用関係またはこれに類する関係に基づく労務の対価であり、消費税の課税取引ではありません。

国税庁の質疑応答事例でも、開業医など個人の医師が事業者から支払を受ける産業医としての報酬は、原則として給与収入となり、消費税は不課税になるとされています。

したがって、個人医師に産業医報酬を支払う場合には、消費税区分を「課税仕入れ」にしないよう注意が必要です。会計ソフト上で外注費や支払手数料として処理してしまうと、誤って仕入税額控除を取ってしまうおそれがあります。

医療法人に支払う場合は消費税の課税対象

一方、契約先が医療法人である場合は取扱いが変わります。

たとえば、医療法人が勤務医を産業医として会社へ派遣し、その対価として会社から委託料を受け取る場合です。

国税庁の質疑応答事例では、医療法人がその勤務医を産業医として派遣した対価として受け取る委託料は、医療法人のその他の医業収入であり、消費税の課税対象になるとされています。

つまり、支払先が医療法人の場合、会社側では課税仕入れとして処理することになります。

個人医師への支払いは給与・消費税不課税、医療法人への支払いは委託料・消費税課税という整理です。

同じ「産業医報酬」でも、支払先が個人か法人かで消費税の取扱いが異なる点に注意が必要です。

医療法人への支払いは源泉徴収不要

医療法人に産業医業務の委託料を支払う場合、支払先は法人です。

通常、法人に対する業務委託料については、個人への給与や報酬料金のような源泉徴収は行いません。

したがって、医療法人と契約して産業医サービスを受けている場合には、源泉所得税を控除せず、請求書に基づいて支払うことになります。

ただし、契約書や請求書の名義が重要です。

• 契約先が医療法人なのか、医師個人なのか

• 請求書の発行者は誰か。

  振込先は法人名義か個人名義か

• 実際に支払っている相手は誰か

このあたりを確認せずに処理すると、源泉所得税や消費税の判断を誤ることがあります。

福利厚生費で処理してよいのか

産業医報酬は、従業員の健康管理に関する費用であるため、会計上は福利厚生費で処理されることが多いです。

ただし、勘定科目は会社の管理上の分類にすぎません。

税務上重要なのは、勘定科目名ではなく、支払内容と税務区分です。

たとえば、個人医師に支払う産業医報酬を福利厚生費で処理していたとしても、所得税法上は給与として源泉徴収が必要になる場合があります。

また、消費税についても、不課税として処理する必要があります。

一方、医療法人に支払う産業医委託料を福利厚生費で処理していても、消費税は課税仕入れになるのが原則です。

つまり、福利厚生費という科目で処理しているからといって、源泉徴収や消費税の検討を省略してよいわけではありません。

健康診断費用との区分にも注意

産業医報酬と混同しやすいものに、従業員の健康診断費用があります。

健康診断費用は、病院や健診機関に支払うケースが多く、従業員に対する福利厚生費として処理されることがあります。

一方、産業医報酬は、従業員の健康管理について助言・面談・職場巡視などを行なう産業医への報酬です。

同じ「健康管理」に関する費用でも、支払先やサービス内容が異なります。

健康診断費用は医療機関から請求されることが多く、消費税が非課税または課税のどちらになるかは内容により異なります。

一方、個人医師への産業医報酬は、給与として源泉徴収が必要で、消費税は不課税となるのが原則です。

経理処理をする際には、請求書や契約書を見て、健康診断費用なのか、産業医報酬なのかを区分しておきましょう。

産業医報酬で確認すべき資料

産業医報酬を正しく処理するには、次の資料を確認しておくことが重要です。

• 産業医契約書

• 業務委託契約書

• 請求書

• 支払先の名義

• 振込先口座

• 医師個人との契約か、医療法人との契約か

• 報酬額が額面か手取りか

• 訪問頻度や業務内容

• 扶養控除等申告書の提出有無

• 交通費の支給有無

これらを確認すれば、給与として源泉徴収すべきか、医療法人への委託料として処理すべきか、消費税を課税仕入れにするか不課税にするかを判断しやすくなります。

特に、以前から同じ処理を続けている会社では、「昔からこうしているから大丈夫」と思い込みやすいです。

契約更新や新規契約のタイミングで、改めて税務処理を確認することをおすすめします。

税務調査で見られやすいポイント

産業医報酬は金額が大きくないこともありますが、税務調査で確認されることがあります。

特に次の点は注意が必要です。

• 個人医師への支払いについて源泉徴収しているか

• 医師個人への支払いを誤って外注費処理していないか

• 消費税を誤って課税仕入れにしていないか

• 医療法人への支払いについて請求書・契約書が整っているか

• 報酬が手取り契約になっていないか

• 交通費を報酬に含めて処理していないか

• 健康診断費用や福利厚生費と混同していないか

• 源泉徴収漏れがある場合、会社が不足税額を納付することになります

また、納付漏れが長期間続いていると、不納付加算税や延滞税の負担が生じる可能性があります。

まとめ：産業医報酬は「支払先が個人か法人か」で整理する

産業医報酬の税務処理では、まず支払先を確認することが重要です。

個人医師に直接支払う産業医報酬は、所得税法上、原則として給与に該当します。

そのため、会社側では給与として源泉徴収を行う必要があります。

また、給与に該当するため、消費税は不課税です。

一方、医療法人が勤務医を産業医として派遣し、会社が医療法人に委託料を支払う場合、その委託料は消費税の課税対象となります。

この場合、通常、法人への支払いですので源泉徴収は不要です。

同じ「産業医報酬」でも、

• 個人医師への支払いなのか

• 医療法人への支払いなのか

• 給与なのか委託料なのか

• 消費税は不課税なのか課税なのか

を分けて考える必要があります。

また、福利厚生費で処理している場合でも、源泉所得税や消費税の判定は別途必要です。

契約書、請求書、支払先名義、振込先、報酬額が額面か手取りかを確認し、処理を誤らないようにしましょう。

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【この記事の執筆者】

安田 亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所 代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

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