課税期間の途中でインボイス登録しても2割特例は使える？適用範囲と注意点を税理士が解説
- 安田亮
- 20 時間前
- 読了時間: 9分
こんにちは！代表の安田です。
インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者となった小規模事業者については、消費税の納税負担を軽減するための「2割特例」が設けられています。
2割特例を利用すると、一定の要件を満たす事業者は、原則として売上げに係る消費税額の2割を納付税額とすることができます。そのため、仕入れや経費に係る消費税額を一件ずつ集計する場合と比べて、税負担だけでなく事務負担も軽減できる可能性があります。
ところで、課税期間の初日ではなく、年や事業年度の途中からインボイス発行事業者の登録を受けた場合にも、2割特例を適用できるのでしょうか。
結論としては、課税期間の途中でインボイス登録を受けた場合でも、一定の要件を満たせば、その課税期間について2割特例を適用できます。
本日は、課税期間途中のインボイス登録と2割特例の関係について、具体例を交えながら解説します。
2割特例とは
2割特例とは、インボイス制度の開始をきっかけとして、免税事業者からインボイス発行事業者になった事業者を対象とする消費税の負担軽減措置です。
通常、消費税の納付税額は、売上げに係る消費税額から、仕入れや経費に係る消費税額を差し引いて計算します。
これに対して2割特例を適用する場合、仕入税額控除の金額を売上税額の80％相当額として計算するため、結果として売上税額の20％相当額が納付税額となります。
例えば、売上げに係る消費税額が100万円であれば、2割特例による納付税額は、原則として次のようになります。
100万円－100万円×80％＝20万円
実際に支払った仕入れや経費の消費税額を集計しなくても、基本的には売上税額を基礎として納付税額を計算できる点が特徴です。
国税庁によれば、2割特例を利用するための事前の届出は必要ありません。消費税の確定申告書に、2割特例の適用を受ける旨を記載することにより適用できます。また、一度適用した後も、翌課税期間に必ず継続しなければならないわけではなく、課税期間ごとに適用するかどうかを判断できます。
2割特例を適用できる期間
2割特例を適用できるのは、2023年（令和5年）10月1日から2026年（令和8年）9月30日までの日が含まれる課税期間です。
ここで重要なのは、登録日そのものが2026年9月30日以前であるかだけではなく、「2026年9月30日までの日が含まれる課税期間」であるかどうかです。
個人事業者の課税期間は、原則として1月1日から12月31日までです。そのため、要件を満たす個人事業者については、2026年分の消費税申告も2割特例の対象となります。
法人についても、2026年9月30日までの日を含む事業年度であれば、他の要件を満たす限り、2割特例の対象となる可能性があります。
ただし、課税期間を1か月または3か月に短縮している場合などは、2割特例を適用できないことがあります。
課税期間の途中で登録しても2割特例を適用できる
2割特例の対象となる課税期間については、必ずしも課税期間の初日からインボイス発行事業者である必要はありません。
課税期間の途中からインボイス発行事業者の登録を受けた場合でも、その課税期間が2割特例の対象期間に該当し、事業者が所定の要件を満たしていれば、2割特例を適用できます。
例えば、個人事業者について、次のようなケースを考えてみましょう。
2026年1月1日から課税事業者を選択している
2026年10月1日にインボイス発行事業者の登録を受けた
基準期間の課税売上高が1,000万円以下である
その他、2割特例を適用できない事由に該当しない
この場合、2026年1月1日から9月30日まではインボイス発行事業者ではありませんが、2026年分の課税期間には、2割特例の対象期間の最終日である2026年9月30日が含まれています。
したがって、所定の要件を満たしていれば、2026年1月1日から12月31日までの2026年分の消費税申告について2割特例を適用できます。
「インボイス登録を受けた10月以降の売上げだけに2割特例を適用する」という計算ではなく、その課税期間の消費税申告全体について、2割特例の適用可否を判定する点がポイントです。
国税庁も、個人事業者が年の途中からインボイス登録を受けた場合の申告方法について、専用の案内を公表しています。
インボイス登録を取り消した後に再登録した場合
インボイス発行事業者の登録を取り消した後、同じ課税期間または後の課税期間に再び登録を受けるケースも考えられます。
登録取消後も、登録の経緯などによっては、一定期間、課税事業者として消費税の申告が必要となる場合があります。
その状態で、2割特例の対象となる課税期間の途中からインボイス発行事業者として再登録した場合でも、再登録したという事実だけで直ちに2割特例の対象外になるわけではありません。
基準期間の課税売上高などの要件を満たし、インボイス登録がなければ免税事業者となる課税期間に該当するかなどを確認したうえで、適用可否を判断することになります。
登録取消しや再登録を行なっている場合には、過去の届出状況や登録日、課税事業者となった理由によって結論が変わる可能性があります。単純に「売上高が1,000万円以下だから適用できる」と判断せず、個別に確認することが重要です。
2割特例を利用できない主なケース
2割特例は、すべての小規模な課税事業者が利用できる制度ではありません。
代表的には、次のような課税期間については適用できない可能性があります。
基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている
個人事業者の場合は原則として前々年、1年決算法人の場合は原則として前々事業年度が基準期間となります。
基準期間の課税売上高が1,000万円を超えている場合は、インボイス登録をしなくても課税事業者となるため、原則として2割特例の対象になりません。
資本金1,000万円以上の新設法人である
設立時の資本金が1,000万円以上の法人は、一定の設立初期の課税期間について、事業者免税点制度が適用されません。
インボイス登録とは別の理由で課税事業者となるため、該当する課税期間については2割特例を利用できません。
特定新規設立法人に該当する
資本金が1,000万円未満であっても、一定の大規模事業者に支配されている新設法人などは、特定新規設立法人として免税事業者になれない場合があります。
この場合も、2割特例の対象外となる可能性があります。
高額な資産の取得などにより免税事業者になれない
調整対象固定資産や高額特定資産を取得し、仕入税額控除を受けた場合には、その後の一定期間、免税事業者に戻れないことがあります。
このように、インボイス登録以外の理由で事業者免税点制度の適用が制限されている課税期間は、2割特例の対象外となる場合があります。
課税期間を短縮している
消費税課税期間特例選択届出書を提出し、課税期間を1か月または3か月に短縮している場合には、2割特例を適用できません。
国税庁も、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合、一定の新設法人に該当する場合、高額特定資産を取得した場合、課税期間を短縮している場合などを、2割特例を適用できない代表例として案内しています。
2割特例が必ず有利とは限らない
2割特例を適用できる場合でも、必ず2割特例を選択すべきとは限りません。
例えば、多額の設備投資を行なった課税期間では、仕入れに係る消費税額が売上げに係る消費税額を上回ることがあります。
この場合、一般課税で計算すれば消費税の還付を受けられる可能性がありますが、2割特例では売上税額を基礎として納付税額を計算するため、原則として還付は生じません。
また、簡易課税制度を適用できる事業者については、事業区分によっては、2割特例よりも簡易課税制度の方が有利になることがあります。
特に、みなし仕入率が90％となる卸売業では、簡易課税制度による納付税額が売上税額の10％相当となるため、売上税額の20％相当を納付する2割特例よりも納税額が少なくなる可能性があります。
したがって、2割特例、簡易課税制度、一般課税のいずれが有利かを、申告前に比較することが大切です。
2027年・2028年分は個人事業者向けの3割特例へ
2割特例は、2026年9月30日までの日を含む課税期間をもって終了します。
その後、個人事業者については、2027年分および2028年分の消費税申告を対象として、納付税額を売上税額の3割相当額とする「3割特例」が設けられています。
3割特例も、インボイス登録をきっかけに免税事業者から課税事業者となったことなどが要件となります。
ただし、3割特例の対象は個人事業者に限られており、法人は対象になりません。法人については、2割特例の終了後、原則として一般課税または簡易課税制度によって申告することになります。
また、3割特例についても、課税期間の途中からインボイス登録を受けた場合に適用できる仕組みとされています。
まとめ
課税期間の途中でインボイス発行事業者の登録を受けた場合でも、一定の要件を満たしていれば、その課税期間について2割特例を適用できます。
特に2026年分については、2026年9月30日までの日が課税期間に含まれているため、個人事業者が2026年10月以降にインボイス登録を受けた場合でも、2割特例を利用できるケースがあります。
一方で、2割特例を適用できるかどうかは、登録日だけでは判断できません。
基準期間や特定期間の課税売上高、課税事業者となった理由、新設法人に関する特例、高額な資産の取得状況、過去の届出や登録取消しの有無などを総合的に確認する必要があります。
また、2割特例を利用できる場合でも、設備投資の状況や事業区分によっては、一般課税や簡易課税制度を選択した方が有利になる可能性があります。
インボイス登録の時期や消費税の計算方法で迷っている場合は、申告期限の直前ではなく、登録申請や設備投資を行なう前に税理士へ相談することをおすすめします。
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【この記事の執筆者】
安田 亮（公認会計士・税理士）
安田亮公認会計士・税理士事務所 代表
京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。
現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。
事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。
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