2026年度税制改正「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」とは？対象取引・保存書類・実務対応を解説

安田亮

1 日前

読了時間: 16分

おはようございます！代表の安田です。

2026年度税制改正により、「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」が創設されました。

この制度は、親会社や子会社などの関連者から経営指導、システム管理、広告宣伝、研究開発などの役務提供を受け、その対価を支払う場合に関係します。

例えば、親会社から届いた請求書に「経営指導料　一式」としか記載されておらず、どのような業務が行なわれたのか、請求額をどのように計算したのかが分からない場合には、その不足事項を補う書類を別途取得または作成し、保存しなければならない可能性があります。

新制度は、2026年4月1日以後に開始する事業年度の関連者間取引から適用されます。3月決算法人であれば、原則として2026年4月1日から2027年3月31日までの事業年度が最初の対象です。

本日は、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例について、対象法人、対象取引、保存すべき内容、保存期限、複数年度にわたる継続取引の取扱いを解説します。

なぜ新しい保存制度が設けられたのか

企業グループ内では、親会社がグループ各社のシステム管理、広告宣伝、研究開発、人事、経理などをまとめて行い、その費用を子会社へ配賦することがあります。

いわゆるシェアードサービスやシェアードコスト取引です。

こうした取引では、請求書に「グループ管理費」「経営指導料」「システム利用料」などとしか記載されず、次のような情報が分からないことがあります。

具体的にどのような業務が行なわれたのか
子会社がその業務によってどのような利益を受けたのか
グループ全体の費用はいくらだったのか
どの費用を配賦対象に含めたのか
売上高、従業員数、利用時間など、どの基準で配賦したのか
利益を上乗せしているのか
請求額がどのように計算されたのか

国税庁は、一定の支配関係にある法人間の取引では詳細な資料が作成されない場合があり、取引内容や支払額の根拠を外部から確認しにくいことを制度創設の背景として挙げています。

特に海外の親会社やグループ会社への間接経費の支払いについては、日本の税務当局が相手先へ反面調査を行なうことが難しく、支払った日本法人側で計算根拠を説明できる資料を保管する必要性が高くなります。

対象となる法人

この特例は、法人の売上高、資本金、従業員数などにかかわらず適用されます。

青色申告法人だけでなく、青色申告を行なっていない内国法人である普通法人等も対象です。中小企業だから対象外になるという規定はありません。

一方、外国法人はこの特例の対象外です。

日本国内に支店などの恒久的施設を持つ外国法人については、恒久的施設と本店等との内部取引に関する別の文書化制度が設けられているためです。

「関連者」とは

対象となる関連者には、親会社・子会社だけでなく、一定の資本関係や実質的な支配関係を持つ法人が含まれます。

代表的なものは、いずれか一方の法人が、他方の法人の発行済株式等の50％以上を直接または間接に保有する関係です。

そのほか、株式保有割合だけではなく、役員関係、取引依存関係、資金関係などを通じて実質的に支配されている一定の法人も対象となる可能性があります。関連者の考え方は、移転価格税制における関連者の考え方と同様とされています。

例えば、次のような法人間取引は確認が必要です。

親会社と子会社
同一の親会社に支配されている兄弟会社
国内子会社と海外親会社
国内法人と海外の兄弟会社
直接の出資関係はないが、実質的な支配関係がある法人

なお、単に取引先の代表者が親族であるというだけで、直ちに法人同士がこの特例の関連者になるとは限りません。資本関係や実質的な支配関係を確認する必要があります。

すべてのグループ内取引が対象になるわけではない

新制度の名称は「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」ですが、親子会社間のすべての売買や資金移動が対象になるわけではありません。

主な対象は、関連者が内国法人に対して行う、次の取引のうち、販売費・一般管理費その他の費用の原因となるものです。

工業所有権等の譲渡または貸付け
一定の役務提供

つまり、原則として関連者から役務提供等を受け、その対価を費用として負担する内国法人側に保存義務が生じます。

実務上、対象となりやすい取引には次のようなものがあります。

親会社から受ける経営指導
技術指導や製造支援
経理・人事・法務などの管理業務
グループ共通システムの運用・保守
広告宣伝費のグループ内配賦
研究開発費の配賦
商標権、特許権などの使用
グループ内のシェアードサービス
海外親会社から請求されるマネジメントフィー

商品の通常の仕入れ、貸付金の利息、配当金などが当然にこの特例の対象となるわけではありません。まずは、法令上の工業所有権等の取引または一定の役務提供に該当するかを確認する必要があります。

保存書類に必要な内容

必要な記載内容は、取引の種類によって異なります。

国税庁は、一律に過度に詳細な資料を求めるものではなく、第三者の立場から取引の内容を客観的に把握できる程度の記載が必要としています。

＜工業所有権等の譲渡・貸付け＞

特許権や商標権などに関する取引では、例えば次の情報が必要になります。

対象となる権利の内容
権利の範囲
権利の存続期間
自社の事業における利用方法
対価の金額
ロイヤルティー率などの算定方法
算定の基礎となった売上高など
他の資産や役務と一括契約している場合の内訳

単に「商標使用料500万円」と記載されているだけでは、使用料の算定根拠が分からない可能性があります。

＜経営指導・管理業務など＞

親会社から経営管理や指導を受けている場合は、例えば次の情報を残しておくことが考えられます。

指導・管理業務の具体的な内容
業務の提供方法
担当部署や担当者
提供頻度
対象期間
対価の計算方法
原価に利益を加算する場合の加算率
請求額の計算過程

請求書に「2027年3月期経営指導料　一式」としか書かれていない場合は、具体的な指導内容と計算方法を説明する資料が必要になる可能性があります。

＜グループ共通費用の配賦＞

システム費、研究開発費、広告宣伝費などをグループ各社へ配賦する場合には、例えば次の事項を整理します。

対象となる事業活動の内容
活動の実施方法
実施場所・回数
内国法人が受けた利益の内容
配賦する費用の総額
配賦対象に含まれる費用
配賦対象から除外した費用
配賦基準
その配賦基準を採用した理由
自社負担額の具体的な計算過程

国税庁の事務運営指針では、費用分担型の取引について、事業活動の内容、実施方法、場所・回数、内国法人が受ける利益、費用額を算出する計算方法などを確認できる情報が例示されています。

「一式」とだけ書かれた請求書は要注意

請求書に次のような記載しかない場合は、新制度への対応が必要になる可能性があります。

経営指導料　一式
業務委託料　一式
グループ管理費　一式
システム利用料　一式
広告費負担金　一式
共通経費配賦額　一式

「一式」という表示自体が直ちに認められないわけではありません。

契約書、配賦計算表、業務報告書など、他の保存書類を組み合わせることによって、業務内容や計算方法が客観的に確認できれば、別途書類を作成する必要がない場合があります。

一方、契約書にも請求書にも具体的な記載がなく、社内担当者も計算方法を説明できない場合は、特定事項記載書類を取得または作成する必要があります。

国税庁も、対価が「一式」とされていたり、取引内容が抽象的に表示されているだけで取引実態を把握できなかったりする場合には、必要事項の記載があるとはいえないとしています。

特定事項記載書類に決まった様式はある？

特定事項記載書類について一律の指定様式は示されていません。

契約書の覚書、配賦計算書、業務内容説明書、親会社から受領した計算明細、自社で作成した整理表などにより、必要な情報を確認できればよいと考えられます。

実務上は、次のような項目を記載した管理表を作成すると整理しやすいでしょう。

＜特定事項記載書類の作成例＞

項目	記載例
関連者の名称	株式会社○○ホールディングス
対象期間	2026年4月1日～2027年3月31日
取引の種類	経営管理・人事・経理支援
役務の具体的内容	月次決算支援、採用支援、予算管理
提供方法・頻度	オンライン会議月2回、随時メール対応
自社が受けた利益	経理業務の効率化、採用活動の支援
配賦対象費用	担当者人件費、システム費、外注費
配賦基準	各社の従業員数
配賦基準の理由	各社の業務利用量との関連性が高いため
グループ全体の対象費用	3,000万円
自社の配賦割合	10％
自社負担額	300万円
利益加算	なし
根拠資料	契約書、配賦表、業務報告書

この表はあくまで実務上の一例です。必要な記載内容は、取引の性質や既存資料の内容によって異なります。

取得・作成期限と保存期間

特定事項記載書類は、対象となる関連者間取引を行った事業年度の確定申告書の提出期限までに取得または作成し、整理しておく必要があります。

保存期間は、原則として確定申告書の提出期限を基本とする起算日から7年間です。

例えば、3月決算法人が2027年3月期に行った関連者間取引については、原則として2027年5月末の申告期限までに必要書類を取得・作成します。申告期限を1か月延長している法人では、実際の法定提出期限との関係を確認する必要があります。

決算作業が終わってから親会社へ資料を依頼すると、申告期限までに間に合わない可能性があります。期中から資料を収集する運用が重要です。

電子メールやクラウドで受け取った場合

親会社から配賦計算書や業務明細を電子メール、クラウドストレージなどで受け取った場合には、電子帳簿保存法上の電子取引データに該当する可能性があります。

その場合、紙に印刷するだけではなく、電子取引データとして所定の方法で保存する必要があります。

ファイル名やシステムの検索項目には、次の情報を含めると管理しやすくなります。

取引年月日
金額
関連者名
取引内容
対象事業年度

複数年度にわたる継続取引の取扱い

親会社から毎期継続して同じ経営指導やシステムサービスを受けている場合でも、各事業年度がそれぞれ新制度の対象となります。

したがって、契約書、請求書、計算書などの取引関係書類は各事業年度について保存しなければなりません。

各年度の書類に必要事項が記載されていなければ、原則として各事業年度について特定事項記載書類を取得または作成する必要があります。

ただし、役務提供の内容に変更がなく、そのことを契約書、協定書その他の資料で確認できる場合には、前年度に取得・作成した一つの特定事項記載書類を引き続き保存する方法も認められます。

例えば、次の条件がそろっているケースです。

提供される業務の内容が変わっていない
配賦対象となる費用の範囲が変わっていない
配賦基準が変わっていない
利益加算の方法が変わっていない
契約書等から継続性を確認できる

もっとも、役務の内容は同じでも、配賦基準やマークアップ率が変更されている場合には、従来の書類だけで十分かを改めて確認すべきでしょう。

国外関連者のローカルファイルとの関係

海外親会社などとの国外関連取引について、移転価格税制上のローカルファイルを作成している法人もあります。

ローカルファイルに、新制度で求められる取引内容や対価の計算方法が、第三者から見ても客観的に分かる程度に記載されている場合には、その情報について改めて特定事項記載書類を作成する必要はありません。

ただし、ローカルファイルを作成しているという形式だけで判断することはできません。

実際に、次の事項が記載されているかを確認する必要があります。

役務の具体的な内容
役務提供の態様・頻度
内国法人が受ける利益
原価の内容
配賦基準
対価やマークアップの計算方法

保存していないと費用が直ちに損金不算入になる？

特定事項記載書類を保存していないからといって、それだけを理由として、関連者へ支払った費用が直ちに損金不算入になるわけではありません。

国税庁の事務運営指針では、この書類保存は費用を損金算入するための直接の要件ではなく、実際の課税関係は取引の内容や事実関係を調査したうえで判断するとされています。

ただし、書類がなければ次の事項を説明できず、結果として損金算入が否認される可能性はあります。

実際に役務提供を受けたこと
その役務が自社の事業に必要だったこと
請求額の計算が合理的であること
自社が負担すべき費用であること
親会社の株主活動に係る費用ではないこと

「書類がないこと」と「損金不算入」は直接イコールではありませんが、取引実態を立証できなければ、税務上のリスクが高くなる点に変わりはありません。

青色申告の承認取消しにも注意

青色申告法人が特定事項記載書類を適切に保存していない場合、法令上は青色申告の承認取消事由に該当します。

ただし、保存漏れが1件あれば直ちに機械的に青色申告が取り消されるというものではありません。

国税庁の事務運営指針では、税務調査時に書類の保存がない、または記載が不十分である場合、合理的な期間を定めて書類の取得・作成と提示を求め、その違反の程度や是正状況などを踏まえて取消しの要否を判断するとされています。軽微な違反であれば、取消しを行なわず改善指導にとどめることも示されています。

一方、保存状況によっては、欠損金の繰越控除を適用できなくなる可能性もあります。

白色申告法人についても、取引実態を明らかにできず、所得金額を実額で計算することが困難な場合には、推計による更正・決定が検討される可能性があります。

親会社が一括保存していればよい？

グループ全体の配賦計算書や契約書を親会社が一括管理し、子会社には保存していないケースがあります。

原則として、保存義務を負う内国法人は、自社の納税地や国内事業所等において特定事項記載書類を保存する必要があります。

ただし、親会社が一元的に保存している場合でも、税務調査時に子会社が親会社から必要な情報を遅滞なく取得し、提示できる体制が整っていれば、子会社側で保存されているものとして取り扱われる場合があります。

そのため、親会社での一括保存を採用する場合には、少なくとも次の事項を決めておくべきでしょう。

資料の管理部署
子会社からの取得手順
税務調査時の連絡先
何営業日以内に資料を提示するか
退職・異動後も資料を取得できる体制
海外親会社から取得する場合の担当者
データの保存期間

「必要になれば親会社へ依頼すればよい」という曖昧な状態では、遅滞なく提示できる体制があるとは認められない可能性があります。

企業が2026年度中に進めたい実務対応

1．関連者一覧を作成する

親会社、子会社、兄弟会社、海外グループ会社などを一覧化し、資本関係と実質的な支配関係を確認します。

2．関連者への費用支払いを抽出する

会計データから、次のような勘定科目を中心に取引を抽出します。

支払手数料
業務委託費
経営指導料
技術指導料
システム利用料
広告宣伝費
研究開発費
ロイヤルティー
負担金
雑費

勘定科目名だけで判断せず、取引の実態を確認することが重要です。

3．既存書類の記載内容を確認する

契約書、請求書、配賦表、業務報告書、ローカルファイルなどを確認し、役務内容と対価の計算方法が分かるかをチェックします。

4．不足事項を一覧化する

不足している項目を洗い出し、親会社から取得するものと、自社で作成するものに区分します。

5．標準様式を作成する

毎期同じ確認を行えるよう、グループ共通の「関連者間取引確認表」や「費用配賦明細書」を準備すると効率的です。

6．申告期限前の確認手続を決める

決算時のチェックリストに、特定事項記載書類の取得・作成状況を追加します。

税務担当者だけでなく、経理、法務、海外事業、親会社の管理部門などとの連携が必要です。

実務チェックリスト

2026年4月1日以後開始事業年度に向けて、次の項目を確認しておきましょう。

自社の関連者を把握しているか
関連者から役務提供を受けているか
特許権・商標権などの使用料を支払っているか
経営指導料やグループ管理費を支払っているか
請求書が「一式」表記だけになっていないか
役務の具体的内容を説明できるか
費用の配賦基準を説明できるか
配賦基準を採用した理由を説明できるか
自社が役務による利益を受けていることを説明できるか
請求額の計算過程を再計算できるか
既存の契約書やローカルファイルで必要事項を確認できるか
不足事項を申告期限までに補完できるか
電子データを電帳法に従って保存しているか
継続取引の内容に変更がないか毎期確認しているか
税務調査時に親会社から資料を速やかに取得できるか

まとめ

2026年度税制改正で創設された「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」は、企業規模を問わず、多くのグループ企業に影響する制度です。

主なポイントは次のとおりです。

2026年4月1日以後に開始する事業年度から適用される
関連者から受ける一定の役務提供や工業所有権等の取引が対象となる
契約書や請求書に必要事項があれば追加書類は不要
記載が不足している場合は、特定事項記載書類で補完する
役務内容だけでなく、対価や費用の計算方法も保存する
特定事項記載書類は申告期限までに取得・作成する
原則として申告期限を基本とする起算日から7年間保存する
継続取引は各事業年度で確認する
内容に変更がないことを確認できれば、前年度の書類を利用できる場合がある
保存漏れだけで直ちに損金不算入とはならないが、青色申告や欠損金控除への影響に注意する

関連者間取引は、一般の取引先との取引に比べて契約や請求書が簡略化されやすく、「従来から同じ方法で処理している」という理由だけでは、新制度への対応が不十分になる可能性があります。

特に、親会社への経営指導料、システム利用料、共通費用の負担金、海外グループ会社へのマネジメントフィーがある法人は、決算直前ではなく、期中から契約書と計算資料を確認しておくことが重要です。

神戸での起業や開業に関するご相談、確定申告にお困りの方、顧問税理士をお探しの方は安田亮公認会計士・税理士事務所までお問い合わせください！

【この記事の執筆者】

安田亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。