【令和8年度税制改正】法人税法の改正ポイント12項目を解説！関連者間取引・減価償却・事業再生の注意点

おはようございます！代表の安田です。

令和8年度（2026年度）税制改正では、法人税に関するさまざまな制度が見直されました。

研究開発税制や設備投資税制などの改正が注目される一方で、法人税法施行令・施行規則などについても、企業の実務に影響する改正が行なわれています。

例えば、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が創設され、一定のグループ会社間取引について、契約書や請求書等に対価の算定根拠が記載されていない場合には、追加の書類を作成・保存する必要があります。

また、公益法人等に関する取扱い、減価償却資産の範囲、貸倒引当金、事業再生に伴う欠損金の繰越控除、グループ通算制度における投資簿価修正なども見直されています。

これらの改正は、すべての法人に一律に適用されるわけではありません。

改正項目によって適用対象となる法人や取引、適用開始日が異なるため、自社に関係する内容を確認することが重要です。

本日は、令和8年度税制改正における法人税法関係の主な改正12項目を、実務上の注意点とともに解説します。

なお、本記事では法人税法施行令・施行規則等の改正を中心に取り上げており、研究開発税制や賃上げ促進税制など、租税特別措置法に関する改正の全体を網羅するものではありません。

令和8年度税制改正における法人税法関係の主な改正一覧

まず、今回取り上げる12項目を一覧で確認しましょう。

改正項目	主な内容
① 関連者間取引の書類保存	対価の算定根拠を記載した書類の作成・7年間保存
② 公共法人の範囲	対象となる独立行政法人の変更
③ 公益法人等・収益事業	医療機関、専修学校等の要件を見直し
④ 減価償却	貯留権の追加、法人区分変更時等の償却計算の整理
⑤ 繰延資産	公益法人等からの移行時等の償却計算を見直し
⑥ 寄附金	学校法人等に関する要件の変更
⑦ 貸倒引当金	早期事業再生法に基づく権利変更決議を対象に追加
⑧ 欠損金の繰越控除	早期事業再生法に対応した特例の整備
⑨ 投資簿価修正	グループ通算制度の離脱法人株式に関する計算を見直し
⑩ 移行時資産等の帳簿価額	公益法人等の法人区分変更・資産転用時の取扱いを明確化
⑪ 防衛特別所得税	法人に課される防衛特別所得税を法人税額から控除
⑫ 仮装経理による過大申告	早期事業再生法に対応した還付特例の見直し

一般の事業会社に関係する可能性が高いのは、①の関連者間取引に係る書類保存です。

一方、公益法人、医療法人、学校法人、事業再生中の法人、グループ通算制度を適用する法人では、それぞれ関連する改正の確認が必要になります。

関連者間取引に係る書類の整理保存の特例を創設

今回の改正で、一般企業の経理・税務担当者が特に注意したいのが、関連者間取引に係る書類保存の制度です。

令和8年度税制改正によって、法人税法施行規則第59条の2および第67条の2に、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が設けられました。

どのような制度？

一定の関連者間取引について、契約書や請求書などの取引関係書類に、対価の額を算定するために必要な事項が記載されていない場合、追加の書類を取得・作成して保存する必要があります。

例えば、親会社から子会社に対して経営管理サービスが提供され、その対価として毎月100万円を支払っているケースを考えます。

契約書や請求書に「経営管理料100万円」としか記載されていない場合、どのような役務が提供され、どのように対価が決定されたのか分からないことがあります。

このような場合、取引が制度の対象に該当すれば、対価の算定根拠などを明らかにする書類が必要になります。

＜必要となる書類の例＞

書類	確認する内容
契約書	提供される役務、契約条件
請求書	請求金額、対象期間
業務明細書	実際に提供したサービスの内容
費用配賦計算書	対価の計算方法や配賦基準
社内計算資料	対価の算定に使用した数値

ただし、すべての書類を新たに作成する必要があるわけではありません。

既存の取引関係書類に必要な事項が記載されていれば、追加の「特定事項記載書類」を取得・作成する必要はありません。

すべての関連会社間取引が対象になるわけではない

今回の制度の対象となる関連者間取引には、一定の範囲が定められています。

具体的には、費用の額の原因となる取引のうち、関連者から受ける一定の工業所有権等の譲渡・貸付けや、一定の役務の提供などが対象です。

関連者には、直接または間接に50％以上の株式を保有する関係など、一定の特殊関係にある法人が含まれます。

したがって、関連会社との売買や資金貸借など、あらゆる取引が無条件にこの制度の対象になるわけではありません。

まずは取引の種類が制度の対象に該当するかを確認する必要があります。

＜書類の作成期限と保存期間＞

項目	内容
対象事業年度	2026年4月1日以後開始事業年度
追加書類の作成・取得期限	原則として当該事業年度の確定申告書の提出期限
保存期間	所定の起算日から7年間
主な保存場所	納税地または取引に係る国内の事務所等

また、青色申告法人について、法令に従った保存が行われていないことは、青色申告の承認取消事由となり得ます。

ただし、保存不備があれば必ず直ちに青色申告が取り消されるという意味ではありません。

グループ会社間で経営管理料・業務委託料・一定の無形資産使用料などを支払っている企業では、契約書や請求書の記載内容を確認しておくことが重要です。

公共法人に該当する独立行政法人の範囲を変更

法人税法上、公共法人に該当する法人の範囲についても見直しが行なわれました。

今回の改正では、次の変更が行なわれています。

区分	法人名
追加	独立行政法人男女共同参画機構
除外	独立行政法人国立女性教育会館

この改正は、2026年4月1日から適用されています。

公共法人は、法人税法上、通常の普通法人とは異なる取扱いを受けます。

そのため、法人の設立や組織改編に伴って公共法人への該当性が変わる場合には、税務上の法人区分も確認する必要があります。

一般の事業会社への影響は限定的ですが、対象となる独立行政法人やその関係者にとっては重要な変更です。

公益法人等の範囲と収益事業の取扱いを見直し

公益法人等に関しては、医療機関や学校法人などの要件が見直されました。

主な改正内容は次のとおりです。

① 社会医療法人の認定要件

社会医療法人の認定要件のうち、特定外国人患者に対する診療報酬の取扱いが見直されました。従来、自費患者に対する請求金額については、社会保険診療報酬と同一の基準で計算することが要件とされていました。

今回の改正では、特定外国人患者に係る一定の診療報酬について、社会保険診療報酬の基準額から、その3倍の金額までの範囲内であり、かつ地域の標準的な料金を超えない場合に、所定の認定要件を満たす取扱いとなりました。

ただし、すべての外国人患者について、無条件に診療報酬を3倍まで設定できるという意味ではありません。対象患者や診療内容などの要件を確認する必要があります。

② 医師会法人等の医療保健業

収益事業から除外される一定の医療保健業についても、特定外国人患者に対する診療報酬の要件が見直されています。

一定の取扱いでは、健康保険法に基づく基準額の3倍以下で、地域における標準的な料金を超えないことなどが要件となります。

また、厚生労働大臣の証明など、所定の条件も設けられています。

③ 厚生農業協同組合連合会の病室差額料

一定の厚生農業協同組合連合会が行う医療保健業について、特別の療養環境に係る病床の病室差額料の平均額の要件が引き上げられました。

項目	改正前	改正後
病室差額料の平均額	5,000円以下	10,000円以下

この変更は2026年4月1日から適用されています。

④ 専修学校の技芸教授業

公益法人等の収益事業から除外される専修学校の技芸教授業について、教育課程の要件が見直されました。主に、従来の授業時間数による判定から、単位数を用いた判定への変更が行われています。

また、専攻科の課程に関する要件も追加されました。

⑤ 脱炭素関連の事業

物品販売業のうち収益事業から除外される範囲についても、脱炭素成長型経済構造移行推進機構が行う一定の排出枠の買入れに関する業務が追加されました。

これらの改正は、対象となる法人や事業の種類によって適用関係が異なります。

減価償却資産の範囲に「貯留権」を追加

減価償却に関する改正も行なわれています。

まず、法人税法施行令第13条の無形減価償却資産の範囲に、「貯留権」が追加されました。

この改正は、2026年5月22日から施行されています。

公益法人等から普通法人への移行時の償却計算も見直し

もう一つの改正が、公益法人等から普通法人への移行があった場合などの減価償却計算です。

例えば、適格合併等によって、以前は収益事業以外の事業に属していた減価償却資産を引き継ぐ場合があります。

このとき、移転前に行なわれていた償却の額について、移転後の償却限度額の計算でどのように取り扱うかが問題になります。

今回の改正では、所定の資産について、移転前や転用前に行われた償却額を、償却限度額計算の基礎となる取得価額や損金経理額に含めない取扱いが明確化されました。

対象となる主なケースは次のとおりです。

資産の状況	改正の対象
適格合併等で移転を受けた資産	移転前に収益事業以外の事業に属していた減価償却資産
非収益事業から収益事業への転用	転用資産等
公益法人等への移行	公益法人等移行時資産等
普通法人等への移行	普通法人等移行時資産等

この改正は、原則として2026年4月1日以後開始事業年度の減価償却費の計算について適用されます。

公益法人等の組織変更や事業の転用を行う場合には、通常の減価償却資産の取得とは異なる取扱いが必要になるため、注意しましょう。

繰延資産の償却についても同様の見直し

減価償却資産と同様に、繰延資産の償却計算についても見直しが行われました。

対象となるのは、公益法人等から普通法人への移行や、非収益事業から収益事業への資産転用などの場面です。

今回の改正では、一定の繰延資産について、移転前や転用前に行った償却額を、償却限度額の計算の基礎となる繰延資産の額や損金経理額に含めないこととされました。

＜減価償却資産との比較＞

項目	減価償却資産	繰延資産
主な根拠	法人税法施行令第48条の3	法人税法施行令第64条の2
主な対象	一定の移行時・転用時資産	一定の移行時・転用時繰延資産
改正内容	移行前等の償却額を計算基礎から除外	移行前等の償却額を計算基礎から除外
適用時期	2026年4月1日以後開始事業年度	同左

したがって、公益法人等の組織変更に伴って資産や繰延資産を引き継ぐ場合には、過去の償却状況も確認する必要があります。

寄附金の損金算入に関する要件を見直し

寄附金の損金不算入に関しても、複数の改正が行なわれました。

特に、学校法人が設置する専修学校などに係る寄附金について、対象となる教育課程の要件が見直されています。

＜専修学校に関する主な改正＞

項目	改正前	改正後
一定の災害復旧寄附金に係る専門課程の要件	修業期間を通じて1,700時間以上	62単位以上
一定の学校法人設立に係る寄附金の要件	修業期間を通じて3,400時間以上	124単位以上
一定の専攻科	対象範囲の見直し	62単位以上の課程を追加

また、特定公益増進法人に係る対象法人の範囲についても、専修学校の授業時間数に関する要件が単位数基準に変更されました。

さらに、公益法人等の寄附金の損金算入限度額の計算について、対象外となる法人の範囲にマンション除却組合が追加されるなどの見直しも行われています。

これらの改正は、学校法人等への寄附金や、公益法人等の法人税申告に関係します。

すべての学校法人への寄附金が無条件に全額損金算入できるという意味ではないため、対象法人や寄附金の種類を確認する必要があります。

貸倒引当金の繰入事由に早期事業再生法の手続を追加

今回の改正では、2026年12月11日から施行される早期事業再生法に対応した法人税の規定整備が行なわれました。

早期事業再生法は、事業者が早期段階で事業再生に取り組めるよう、金融債権者の多数決や裁判所の認可によって、一定の債権関係の調整を可能とする制度です。

今回、この法律に基づく所定の権利変更決議によって、債務者に対する金銭債権の弁済が猶予されたり、分割払いになったりした場合が、個別評価金銭債権に係る貸倒引当金の繰入事由に追加されました。

＜改正の概要＞

項目	内容
対象制度	個別評価金銭債権に係る貸倒引当金
新たな対象事由	早期事業再生法に基づく所定の権利変更決議
債権の状態	弁済の猶予・分割払い等
施行日	2026年12月11日

ただし、この事由に該当すれば、債権全額について無条件に貸倒引当金を損金算入できるというわけではありません。

実際の繰入限度額については、法人税法上の規定に基づいて計算する必要があります。

また、そもそも税務上の貸倒引当金制度を適用できる法人であるかどうかの確認も必要です。

事業再生中の法人に係る欠損金の繰越控除を見直し

早期事業再生法への対応として、欠損金の繰越控除制度も見直されました。

法人税法施行令第113条の2では、一定の再建中の法人について、欠損金の繰越控除に関する特別な取扱いが定められています。

今回の改正では、早期事業再生法に基づく権利変更決議の効力が生じた場合について、所定の事業年度が対象に追加されました。

具体的には、権利変更決議の効力が生じた日から、所定の7年間の範囲内に属する事業年度について、対象事業年度に追加するものです。

＜主な変更点＞

項目	内容
対象法人	一定の再建中の法人
新たな対象事由	早期事業再生法に基づく権利変更決議
対象となる期間	権利変更決議の効力発生日を起点とする所定の7年間
施行日	2026年12月11日

この制度は、事業再生中の法人に係る欠損金の損金算入限度額に関する特別な取扱いです。

すべての法人について繰越欠損金の控除期間が7年間に変更されるという意味ではありません。

また、適用対象となる法人や欠損金の範囲には、別途要件があります。

グループ通算制度の投資簿価修正を見直し

グループ通算制度を適用する法人については、投資簿価修正に関する改正が行なわれています。

投資簿価修正は、通算グループから法人が離脱する場合などに、その法人の株式の税務上の帳簿価額を調整する仕組みです。

今回の改正では、通算終了事由が生じた法人の株式について、一定の資産調整勘定対応金額等がある場合の計算が見直されました。

具体的には、全部取得条項付種類株式の端数処理による完全子法人化の際の譲渡について、所定の減算調整の対象となる譲渡から除外することとされました。

＜改正の概要＞

項目	内容
対象制度	グループ通算制度の投資簿価修正
主な対象	通算終了事由が生じた法人の株式
改正内容	一定の端数処理による譲渡を減算調整の対象から除外
適用時期	2026年4月1日以後終了事業年度

この改正は、グループ通算制度を適用する法人のうち、特定の完全子法人化や株式取引を行う場合に関係します。

一般の中小企業で日常的に発生する論点ではありませんが、グループ内組織再編や通算グループからの離脱を検討している企業では注意が必要です。

公益法人等の移行時資産・転用資産の帳簿価額を明確化

公益法人等や公共法人については、法人区分の変更や資産の転用があった場合の帳簿価額に関する規定も整備されました。

例えば、公益法人等が収益事業以外の事業に使用していた資産を、新たに収益事業へ転用する場合があります。

また、公共法人が公益法人等に該当するようになったり、公益法人等が普通法人へ移行したりするケースもあります。

このような場合、法人税計算の基礎となる資産・負債の帳簿価額について、取扱いを明確にする必要があります。

＜改正の対象となる3つの場面＞

ケース	主な対象
① 非収益事業から収益事業への転用	転用資産等
② 公共法人から公益法人等への移行	公益法人等移行時資産等
③ 公共法人・公益法人等から普通法人等への移行	普通法人等移行時資産等

今回の改正では、各場面で対象となる資産・負債について、所定の帳簿に記載されている金額を法人税計算上の帳簿価額として取り扱うことなどが定められました。

根拠となるのは、法人税法施行令第139条の5の2です。

この改正は、2026年4月1日以後開始事業年度の所得に対する法人税について適用されます。

なお、法人区分の変更があれば、すべての資産を時価評価するという内容ではありません。

実際には、法人区分や対象資産の種類に応じた規定の確認が必要です。

防衛特別所得税を法人税額から控除する規定を整備

令和8年度税制改正では、2027年1月1日から防衛特別所得税が創設されます。

防衛特別所得税は、所得税額に対して原則1％の税率で課される税金です。

また、復興特別所得税の税率は、従来の2.1％から1.1％へ引き下げられます。

この改正に伴い、法人税法関係でも、防衛特別所得税について必要な規定が整備されました。

具体的には、法人に課される防衛特別所得税の額を、法人税額から控除することとされています。

＜防衛特別所得税に関する整理＞

項目	内容
制度名	防衛特別所得税
税率	基準所得税額の1％
施行日	2027年1月1日
法人税での取扱い	法人に課される防衛特別所得税額を法人税額から控除

ここで注意したいのは、防衛特別所得税と防衛特別法人税は別の税金であることです。

防衛特別法人税は、一定の法人税額を課税標準として課される税金です。

一方、今回の法人税額からの控除規定は、法人に課される防衛特別所得税を対象としています。

例えば、法人が受け取る一定の配当等について源泉徴収される防衛特別所得税は、法人税額からの控除を検討することになります。

従業員の給与から源泉徴収して国に納付する防衛特別所得税を、会社自身の法人税額から控除できるという意味ではありません。

仮装経理による過大申告の還付特例も見直し

最後に、仮装経理に基づく過大申告があった場合の還付特例についても改正が行なわれています。

法人税法では、仮装経理によって所得金額や法人税額を過大に申告した場合について、更正に伴う税額の還付に関する特別な取扱いが設けられています。

今回の改正では、早期事業再生法に基づく所定の権利変更決議の効力が生じたことが、還付請求の対象となる事実に追加されました。

＜改正の概要＞

項目	内容
対象制度	仮装経理に基づく過大申告に伴う還付特例
新たに追加された事由	早期事業再生法に基づく権利変更決議
根拠規定	法人税法施行令第175条
施行日	2026年12月11日

なお、権利変更決議が行なわれれば、過去の法人税額が必ず全額還付されるという制度ではありません。

実際の還付については、対象となる税額や適用要件を確認する必要があります。

適用開始時期を一覧で確認

令和8年度税制改正では、改正項目によって適用開始時期が異なります。

特に注意したいのは、「2026年4月1日以後に開始する事業年度」と「2026年4月1日以後に終了する事業年度」の違いです。

＜主な適用時期の一覧＞

改正項目	主な適用開始時期
関連者間取引の書類保存	2026年4月1日以後開始事業年度の取引
公共法人の範囲	2026年4月1日
公益法人等・収益事業	項目により2026年4月1日、同日以後終了事業年度等
減価償却資産への貯留権追加	2026年5月22日
移行時等の減価償却計算	2026年4月1日以後開始事業年度
繰延資産の償却計算	2026年4月1日以後開始事業年度
寄附金関係	改正項目により2026年4月1日以後の支出等
早期事業再生法に関係する改正	2026年12月11日
投資簿価修正	2026年4月1日以後終了事業年度
移行時資産等の帳簿価額	2026年4月1日以後開始事業年度
防衛特別所得税の法人税額控除	2027年1月1日

例えば、12月決算法人では、2026年1月1日から12月31日までの事業年度は、2026年4月1日前に開始しています。

そのため、2026年4月1日以後開始事業年度から適用される制度は、原則として2027年1月1日開始事業年度から対象となります。

一方、2026年4月1日以後終了事業年度から適用される制度であれば、2026年12月期が対象となる場合があります。

改正項目ごとの適用時期を区別して確認することが重要です。

経理・税務担当者が確認したいチェックリスト

今回の改正を受けて、企業の経理・税務担当者は次の項目を確認しておくとよいでしょう。

確認事項	内容
関連者間取引	対象となる役務提供や無形資産取引があるか
契約書・請求書	対価の算定根拠を確認できるか
書類保存	所定の書類を申告期限までに整備できるか
公益法人等	法人区分や収益事業の判定に変更がないか
減価償却	新たな対象資産・法人区分変更の影響はないか
寄附金	対象法人や教育課程の要件を確認したか
貸倒引当金	早期事業再生法による権利変更決議が関係するか
繰越欠損金	事業再生に伴う特例の適用可能性があるか
グループ通算	投資簿価修正への影響がないか
防衛特別所得税	法人に課される源泉徴収税額の処理に対応できるか
適用開始日	開始事業年度・終了事業年度の違いを確認したか

特に、関連者間取引に係る書類保存については、法人税申告書を作成する段階で初めて確認するのではなく、日常的な取引の段階から証憑を整理しておくことが重要です。

よくある質問

Q. 2026年度税制改正で、一般企業に特に影響する法人税法の改正は何ですか？

A. 関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が、一般の事業会社に関係する可能性のある改正です。一定のグループ会社間取引について、対価の算定根拠を確認できる書類の整備が必要となります。

Q. 関連会社とのすべての取引について、追加書類が必要ですか？

A. いいえ。制度の対象となる関連者間取引には、一定の工業所有権等の取引や役務提供などの範囲が定められています。また、既存の取引関係書類に必要事項が記載されていれば、追加書類は必要ありません。

Q. 関連者間取引の特定事項記載書類は何年間保存しますか？

A. 所定の起算日から7年間です。また、追加書類を作成・取得する必要がある場合には、原則として対象事業年度の確定申告書の提出期限までに対応する必要があります。

Q. 早期事業再生法に関する税制改正はいつから適用されますか？

A. 今回取り上げた貸倒引当金、欠損金の繰越控除、仮装経理に基づく過大申告の還付特例に関する改正は、2026年12月11日から施行されます。

Q. 防衛特別所得税と防衛特別法人税は同じですか？

いいえ。防衛特別所得税は所得税に係る付加税であり、防衛特別法人税は法人税に係る付加税です。今回の法人税額からの控除規定は、法人に課される防衛特別所得税を対象としています。

Q. 2026年4月1日以後開始事業年度と、同日以後終了事業年度は何が違いますか？

A. 適用対象となる事業年度が異なります。例えば12月決算法人では、2026年12月期は2026年4月1日前に開始しているため、「同日以後開始事業年度」の要件を満たしません。

一方、「同日以後終了事業年度」という要件であれば、2026年12月期が対象となる場合があります。

まとめ

令和8年度税制改正では、法人税法施行令・施行規則等について、幅広い改正が行われました。

今回の重要なポイントは次のとおりです。

• 関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が創設された

• 一定の関連者間取引について、対価の算定根拠を確認できる書類の整備が必要

• 対象となる特定事項記載書類は、所定の起算日から7年間保存する

• 公共法人・公益法人等の範囲や収益事業の要件が見直された

• 無形減価償却資産に貯留権が追加された

• 公益法人等の移行時・転用時の減価償却と繰延資産の償却について規定が整備された

• 学校法人等に係る寄附金の要件が見直された

• 早期事業再生法に対応して、貸倒引当金や欠損金の繰越控除等が見直された

• グループ通算制度の投資簿価修正について一定の調整が行われた

• 法人区分の変更に伴う資産・負債の帳簿価額について取扱いが明確化された

• 法人に課される防衛特別所得税を法人税額から控除する規定が整備された

• 改正項目ごとに適用開始時期が異なる

特に、グループ会社間で経営管理料や業務委託料などの取引がある企業では、今回創設された書類保存制度への対応を確認する必要があります。

また、公益法人等や事業再生中の法人、グループ通算制度を適用する法人では、それぞれの特殊な規定が改正されているため、個別の検討が重要です。

法人税の申告に当たっては、単に税率や控除額の変更だけを確認するのではなく、証憑の保存、資産の償却、欠損金の取扱い、法人区分の変更など、申告の前提となる実務への影響も確認しておきましょう。

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【この記事の執筆者】

安田 亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所 代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。