国・地方公共団体の消費税は一般企業と何が違う？特別会計・特定収入・申告期限の特例を税理士が解説

こんにちは！代表の安田です。

消費税は、国内で事業者が資産の譲渡や役務提供を行なった場合に課される税金です。

そのため、株式会社や個人事業主だけでなく、国、地方公共団体、公共法人、公益法人等であっても、国内で課税取引を行う場合には、消費税の納税義務が生じることがあります。

一方で、国や地方公共団体の会計は、一般企業とは大きく異なります。

一般企業では、会社単位で会計処理を行い、決算を組み、消費税の申告を行ないます。

しかし、国や地方公共団体では、一般会計のほかに、特定の事業や資金運用の状況を区分して管理するための特別会計が設けられています。

このような会計制度の違いから、消費税についても、一般企業とは異なる特例が用意されています。

本日は、国・地方公共団体・公共公益法人等における消費税の基本、特別会計ごとの納税義務、特定収入がある場合の仕入税額控除、申告・納付期限の特例について、税理士の視点からわかりやすく解説します。

国・地方公共団体も消費税の納税義務者になる

まず押さえておきたいのは、国や地方公共団体であっても、国内で課税資産の譲渡等を行う限り、消費税の納税義務者になり得るという点です。

たとえば、施設利用料、物品販売、駐車場使用料、貸付収入、指定管理に関連する収入など、取引内容によっては消費税の課税対象になることがあります。

国税庁も、国、地方公共団体、公共法人、公益法人等について、納税義務の特例、資産の譲渡等の時期の特例、仕入控除税額の計算の特例、申告・納付期限の特例などを整理した手引を公表しています。

ここで重要なのは、「公共団体だから消費税は関係ない」とは言えないことです。

消費税では、取引の相手が誰か、団体の公益性が高いかどうかだけでなく、その取引が消費税法上の課税取引に該当するかどうかを確認する必要があります。

一般企業と違うポイントは「会計単位」

一般企業では、通常、1つの法人を単位として消費税の納税義務や申告を考えます。

一方、国や地方公共団体では、会計単位が重要です。

国には一般会計と特別会計があり、地方公共団体にも一般会計や特別会計、公営企業会計などがあります。

一般会計は、税収などを主な財源として、行政全般を広く処理するための会計です。

これに対して、特別会計は、特定の事業、特定の資金、特定の収入支出を他の会計と区分して経理するために設けられる会計です。

たとえば、上下水道事業、病院事業、交通事業、国民健康保険事業、介護保険事業など、地方公共団体にはさまざまな特別会計や企業会計があります。

このように会計単位が分かれているため、消費税の申告でも、一般企業のように単純に「1法人1申告」と考えればよいわけではありません。

国・地方公共団体は特別会計ごとに申告する

国や地方公共団体の消費税では、会計単位による特例があります。

国や地方公共団体が特別会計を設けて事業を行う場合、消費税の納税義務の判定や申告は、その特別会計ごとに行う取扱いがあります。

これは、特別会計が単なる内部管理上の区分ではなく、消費税実務上も重要な単位になるためです。

一般企業であれば、営業部門や管理部門ごとに消費税の申告書を分けることは通常ありません。

しかし、国や地方公共団体では、会計制度の特殊性から、特別会計を単位として消費税の課税関係を確認する必要があります。

特別会計は1つの「事業者」のように考える

実務上は、特別会計ごとに、あたかも1つの事業者であるかのように消費税の判定を行ないます。

たとえば、ある特別会計で課税売上が発生している場合、その会計単位で課税売上高、非課税売上、免税売上、課税仕入れ、特定収入などを整理する必要があります。

国税庁の手引でも、国、地方公共団体、公共・公益法人等について、会計単位、資産の譲渡等の時期、仕入控除税額、申告・納付期限などの特例が項目別に整理されています。

このため、特別会計の担当者は、単に歳入・歳出の決算を確認するだけでなく、その会計でどのような消費税課税取引があるのか、どの収入が対価性のある収入なのか、どの支出が課税仕入れに該当するのかを確認する必要があります。

一般企業の経理経験者であっても、国や地方公共団体の消費税実務では戸惑うことが少なくありません。

特定収入とは何か

国・地方公共団体・公共公益法人等の消費税で特に重要なのが、「特定収入」です。

一般企業の消費税計算では、課税売上に係る消費税から、課税仕入れ等に係る消費税を控除して納付税額を計算します。

一方、国や地方公共団体、公共法人、公益法人等では、補助金、会費、寄附金など、資産の譲渡等の対価ではない収入を受け取ることがあります。

これらの収入を使って課税仕入れを行った場合、一般企業と同じように仕入税額控除を全額認めると、消費税の負担関係が不自然になることがあります。

そこで、消費税法では、一定の対価性のない収入を「特定収入」として、これにより賄われる課税仕入れ等の消費税額を仕入控除税額から控除する調整が設けられています。国税庁も、国、地方公共団体、公共法人、公益法人等の仕入控除税額の計算では、補助金、会費、寄附金等の対価性のない収入を特定収入として調整が必要になると説明しています。

つまり、公共団体等では、収入が「売上」かどうかだけでなく、「特定収入」に該当するかどうかも重要になります。

特定収入に該当する代表例

特定収入とは、資産の譲渡等の対価以外の収入のうち、一定のものを除いた収入をいいます。

国税庁は、特定収入に当たる例として、租税、補助金、交付金、寄附金、出資に対する配当金、保険金、損害賠償金、資産の譲渡等の対価に当たらない負担金、他会計からの繰入金、会費等、喜捨金などを挙げています。

たとえば、地方公共団体の特別会計では、一般会計からの繰入金、国庫補助金、県補助金、負担金、交付金などが入ってくることがあります。

これらが資産の譲渡等の対価ではない場合、特定収入に該当するかどうかを確認する必要があります。

一方で、借入金、出資金、預り金、貸付回収金、返還金、還付金など、特定収入から除かれるものもあります。

そのため、単に「補助金だから全部調整対象」「繰入金だから全部調整対象」と決めつけるのではなく、その収入の性質と使途を確認することが大切です。

仕入税額控除の調整が必要になるケース

国、地方公共団体、公共公益法人等が一般課税により消費税を計算する場合で、特定収入割合が5％を超えるときは、仕入控除税額の調整が必要になります。

国税庁は、特定収入割合が5％を超える場合、通常の計算方法によって算出した仕入控除税額から、一定の方法で計算した特定収入に係る課税仕入れ等の消費税額を控除した残額を仕入控除税額とすると説明しています。

反対に、簡易課税制度を適用している場合や、特定収入割合が5％以下である場合には、この調整は不要とされています。

この点は実務上かなり重要です。

一般企業の経理感覚では、課税仕入れに係る消費税は、インボイスや帳簿の要件を満たせば控除できると考えがちです。

しかし、国・地方公共団体・公益法人等では、特定収入がある場合、仕入税額控除の金額が制限されることがあります。

そのため、決算時には、課税売上や課税仕入れだけでなく、特定収入の有無、特定収入割合、使途の特定、補助金等の内容を確認する必要があります。

特別会計では「補助金の使途」も確認する

特定収入の調整では、補助金や負担金などの使途が重要になります。

たとえば、補助金が人件費、利子、土地購入費など、課税仕入れに該当しない支出に使うこととされている場合と、課税仕入れに使うこととされている場合では、消費税計算への影響が変わります。

国税庁は、特定支出について、課税仕入れに係る支出、課税貨物の引取りに係る支出、通常の借入金等の返済金・償還金に係る支出のいずれにも該当しない支出と説明し、給与、利子、土地購入費、特殊な借入金等の返済などを例示しています。

つまり、補助金等については、交付要綱、交付決定通知書、予算書、決算書、事業報告書などから、何に使うこととされているのかを確認する必要があります。

特別会計では、収入と支出の対応関係が一般企業より複雑になりがちです。

「補助金が入った」「支出があった」という事実だけでなく、その補助金がどの支出に充てられるものなのかまで確認することが、消費税申告では重要になります。

インボイス制度との関係

インボイス制度開始後は、国・地方公共団体・公益法人等でも、仕入税額控除の要件に注意が必要です。

課税仕入れについて仕入税額控除を受けるには、原則として、一定事項が記載された帳簿と適格請求書等の保存が必要です。

また、特定収入によりインボイス発行事業者以外の者から課税仕入れを行った場合には、特定収入に係る仕入控除税額の調整との関係で追加的な確認が必要になることがあります。

国税庁も、特定収入に係る課税仕入れ等を適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れに充てたことが客観的な文書により確認できる場合には、その課税仕入れに係る消費税相当額を取り戻すことができる旨を説明しています。

つまり、インボイス制度の下では、単に「支出が課税仕入れかどうか」を見るだけでなく、相手先が適格請求書発行事業者かどうか、保存書類が整っているか、特定収入との対応関係を文書で確認できるかも重要になります。

公共団体や公益法人等では、支払先が小規模事業者や免税事業者であることもあります。

そのような場合、仕入税額控除や特定収入調整への影響を早めに確認しておく必要があります。

申告・納付期限にも特例がある

国・地方公共団体・公共公益法人等では、申告・納付期限にも特例があります。

一般企業の場合、消費税の確定申告は、原則として課税期間終了後2か月以内に行ないます。

しかし、国や地方公共団体の特別会計、公共法人、公益法人等については、予算・決算手続きや監査などに時間を要することから、申告・納付期限について特例が設けられています。

国税庁の手引でも、国、地方公共団体の特別会計や公共・公益法人等について、申告・納付期限の特例が整理されています。

特別会計や公益法人等の消費税申告では、通常の「決算後2か月」という感覚だけでスケジュールを組むのではなく、その団体に適用される申告・納付期限を確認する必要があります。

一般会計と特別会計を混同しない

国や地方公共団体の消費税実務でよくある誤解が、一般会計と特別会計をまとめて考えてしまうことです。

一般企業では、部門別管理をしていても、法人単位で消費税申告を行うのが通常です。

しかし、国や地方公共団体では、特別会計ごとに納税義務や申告を判定する場面があります。

そのため、ある特別会計で課税売上が発生していても、他の会計と相殺して判断できるわけではありません。

また、特別会計間の繰入金や一般会計からの繰入金がある場合には、それが特定収入に該当するかどうかも確認が必要です。

会計単位を誤ると、課税売上高、課税売上割合、特定収入割合、仕入控除税額の計算を誤る可能性があります。

公共団体の経理では、まず「どの会計単位の申告なのか」を明確にすることが出発点です。

国・地方公共団体等の消費税で確認すべきポイント

国・地方公共団体・公共公益法人等の消費税申告では、少なくとも次の点を確認しておきましょう。

まず、申告単位が一般会計なのか、特別会計なのか、公益法人等の法人単位なのかを確認します。

次に、その会計単位で課税売上、免税売上、非課税売上、国外売上があるかを整理します。

また、補助金、交付金、寄附金、会費、繰入金、負担金など、資産の譲渡等の対価ではない収入がある場合には、特定収入に該当するかどうかを確認します。

さらに、特定収入割合が5％を超えるかどうかを確認し、必要に応じて仕入控除税額の調整を行います。インボイス制度の下では、課税仕入れについて適格請求書等が保存されているか、免税事業者等からの仕入れがあるかも重要です。

最後に、申告・納付期限の特例が適用されるかを確認します。

一般企業と同じ感覚で処理すると、会計単位、仕入控除税額、申告期限のいずれかで誤りが生じる可能性があります。

まとめ：国・地方公共団体等の消費税は「一般企業と同じ」ではない

国や地方公共団体であっても、国内で課税資産の譲渡等を行なう場合には、消費税の納税義務者になることがあります。

一方で、国・地方公共団体・公共公益法人等の消費税には、一般企業とは異なる特例があります。

特に重要なのは、次の3点です。

1つ目は、会計単位です。国や地方公共団体では、特別会計ごとに納税義務や申告を考える場面があります。

2つ目は、特定収入です。補助金、交付金、寄附金、繰入金、会費など、資産の譲渡等の対価ではない収入がある場合には、仕入控除税額の調整が必要になることがあります。

3つ目は、申告・納付期限です。国・地方公共団体の特別会計や公共・公益法人等では、一般企業とは異なる申告・納付期限の特例が設けられています。

公共性の高い団体であっても、消費税の申告が不要とは限りません。

また、一般企業の経理経験がある方でも、国・地方公共団体・公益法人等の消費税では、会計単位、特定収入、仕入控除税額の調整で戸惑うことがあります。

国・地方公共団体、公益法人、公共法人、人格のない社団等で消費税申告が必要になる場合には、早めに収入の性質、支出の内容、会計単位、申告期限を整理しておくことをおすすめします。

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【この記事の執筆者】

安田 亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所 代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

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