住宅ローンの「控除申告書等」をなくしたときの対応方法

おはようございます！代表の安田です。

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、1年目は確定申告で手続きを行ないますが、2年目以降は勤務先の年末調整で控除を受けることが可能になります。

このとき必要となるのが、税務署から交付される「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書および給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼計算明細書」（以下、「控除申告書等」）です。

勤務先にこの書類を提出しないと、住宅ローン控除を受けることができません。そのため、年末調整時期に紛失してしまうと焦る方も多いのですが、再交付手続を行なえば問題ありません。

1．再交付は「所轄税務署」へ申請

もし「控除申告書等」を紛失・破損してしまった場合は、所轄税務署長に「交付申請書」を提出することで再交付を受けられます。提出する書類の正式名称は次の通りです。

「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」（措置法41の2の2）

この申請書には、以下の項目を記載します。

• 住宅への居住開始年月日

• 初年度の確定申告で控除を受けた年分

• 再交付を求める理由（紛失・破損など）

記載内容に不備があると再交付までに時間がかかることもありますので、なるべく早めに所轄税務署に相談・提出するようにしましょう。

2．電子交付と書面交付の違いにも注意

住宅ローン控除の初年度（確定申告時）に、控除申告書等の交付方法を「電子交付」か「書面交付」か選択します。

交付方法	内容	紛失リスク
電子交付	e-Tax経由で毎年自動交付（データ形式）	紛失リスクは低い
書面交付	税務署から複数年分をまとめて紙で交付	紛失の可能性あり

特に書面交付を選んだ方の中には、一括交付された複数年分の一部を紛失してしまうケースが多いようです。紙で受け取った方は、毎年の年末調整まで確実に保管しておくことが重要です。

3．「年末残高証明書」をなくした場合は金融機関へ

住宅ローン控除を受けるためには、勤務先へ「年末残高証明書」を提出する必要もあります。この書類は税務署ではなく、借入先の金融機関が発行するものです。

もしこの証明書を紛失した場合は、税務署ではなく借入れを行なった金融機関に再発行を依頼します。

※金融機関によっては、手数料や再発行までの期間が異なります。再発行方法（窓口・郵送・ネット手続きなど）は各社で確認が必要です。

4．紛失したときの対応フロー

紛失した書類	再発行先	必要書類
住宅借入金等特別控除証明書・申告書（控除申告書等）	所轄税務署	「年末調整のための住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」
年末残高証明書	借入先の金融機関	各金融機関指定の申請書等

早めに再交付を依頼すれば、年末調整までに十分間に合います。年末調整間際に気づいた場合でも、まずは税務署や金融機関に連絡して手続き中である旨を勤務先に伝えることが大切です。

5．税理士からのコメント

住宅ローン控除は、10年～13年にわたり適用される長期的な控除制度です。1年目だけでなく、2年目以降も毎年、必要書類の提出が欠かせません。

特に紙交付を選択した方は、年末調整のたびに書類を探すのではなく、「住宅ローン控除専用フォルダ」を作るなどしてまとめて保管しておく習慣をおすすめします。

また、電子交付（e-Tax利用）に切り替えることで、紛失リスクを減らし、年末調整をスムーズに進めることも可能です。

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【この記事の執筆者】

安田 亮（公認会計士・税理士）

安田亮公認会計士・税理士事務所 代表

京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。

現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。

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