M&Aのデューデリジェンス費用は損金？株式取得価額？税務上の判断ポイントを解説
- 安田 亮
- 2 時間前
- 読了時間: 16分
おはようございます！代表の安田です。
M&Aを検討する際、多くの会社では、対象会社の財務・税務・法務・労務・事業内容などを調査します。この調査は一般にデューデリジェンスと呼ばれます。
M&Aの実務では、デューデリジェンス費用、FA報酬、仲介手数料、法務調査費用、財務調査費用など、さまざまな専門家費用が発生します。
ここで税務上よく問題になるのが、これらの費用をその事業年度の損金として処理できるのかそれとも取得した株式の取得価額に含めるべきなのかという点です。
この判断を誤ると、税務調査で損金算入を否認され、株式の取得価額に含めるべきと指摘される可能性があります。
本日は、M&Aにおけるデューデリジェンス費用の税務処理について、法人税上の基本的な考え方、裁決・判決で示された判断ポイント、実務上の留意点を整理します。
M&Aのデューデリジェンス費用とは
デューデリジェンスとは、M&Aの対象会社について、買収前に実施する調査のことです。
調査範囲は案件により異なりますが、一般的には次のようなものがあります。
財務デューデリジェンス
税務デューデリジェンス
法務デューデリジェンス
労務デューデリジェンス
ビジネスデューデリジェンス
ITデューデリジェンス
不動産・環境調査
これらの調査は、買収対象会社の価値、財務状況、潜在債務、契約リスク、労務リスク、税務リスクなどを把握するために行われます。
M&Aでは、買収金額そのものだけでなく、こうした外部専門家への報酬も高額になることがあります。そのため、税務上の処理が重要になります。
問題になるのは「有価証券の購入のために要した費用」かどうか
株式取得型のM&Aでは、法人税法上、購入した有価証券の取得価額が問題になります。
購入した有価証券の取得価額には、購入代価だけでなく、購入手数料その他その有価証券の購入のために要した費用が含まれます。
つまり、デューデリジェンス費用が、取得した株式の購入のために要した費用に該当する場合には、その費用は原則として損金ではなく、株式の取得価額に算入する必要があります。
一方、株式を取得するかどうかを判断するための初期的な調査費用や、買収候補の選定段階の費用であれば、株式取得との関連性が薄く、損金算入できる余地があります。
この境界線が実務上とても難しいところです。
従来の基本的な考え方
従来、M&Aのデューデリジェンス費用については、一般に次のように整理されることが多かったと考えられます。
株式取得の意思決定前に発生した費用
買収するかどうかの判断材料を得るための費用として、損金算入できる可能性がある
株式取得の意思決定後に発生した費用
特定株式の取得に向けて発生した費用として、株式の取得価額に算入する
このように、会社として株式を取得する意思決定をした時点を一つの区切りとする考え方です。
たとえば、経営会議や取締役会で買収を進める意思決定をした後に発生したアドバイザリー報酬や調査費用は、取得価額に含める方向で検討します。
一方、その前段階で、買収候補を比較検討するための調査費用や、買収するかどうかを判断するための資料作成費用は、損金処理できる可能性があります。
ただし、正式決議の前なら必ず損金とは限らない
実務上、注意したいのは、取締役会や株主総会の正式決議前に発生した費用であれば、必ず損金算入できるとは限らないことです。
過去の裁決では、正式な取締役会決議や株主総会決議の前に発生した費用であっても、実質的には特定株式の取得を目的として支出された費用であるとして、取得価額に算入すべきと判断された事例があります。
つまり、形式的に「取締役会決議前だから損金」「株式譲渡契約締結前だから損金」と機械的に判断するのは危険です。
税務上は、会社の意思決定の実態、契約内容、業務の目的、M&Aプロセスの進行状況などを総合的に見て判断する必要があります。
裁決で示された考え方
過去の国税不服審判所の裁決では、デューデリジェンス費用等について、株式の取得価額に算入すべきと判断された事例が複数あります。
裁決で共通して見られる考え方は、次のようなものです。
特定の有価証券を購入する意図の下で、その有価証券の購入に関連して支出された費用は、有価証券の購入のために要した費用に該当する。
一方、どの有価証券を購入するかが特定されていない段階で、複数候補の中から取得対象を決めるための調査費用は、実際に取得した有価証券との関連性が薄いと考えられます。
つまり、ポイントは、対象株式が特定されていたかその株式を取得する意図や前提があったかその費用が取得に関連して支出されたものかという点です。
令和6年高松審判所裁決の注意点
近年、特に実務で注目されているのが、令和6年1月24日の高松審判所裁決です。
この事案では、買収対象会社に意向表明書を提出し、対象会社がこれに応諾した後にデューデリジェンスを実施しました。その後、デューデリジェンスの結果を踏まえ、取締役会決議により株式購入の意思決定が行われています。
納税者側は、取締役会決議前に発生したデューデリジェンス費用であるため、株式を購入するか否かを判断するための必要経費であり、取得価額に含めるべきではないと主張しました。
しかし、審判所は、業務委託契約書に買収対象会社の株式取得に伴う業務である旨の記載があったことなどを踏まえ、特定株式の取得を目的とした業務委託であったとして、取得価額に算入すべきと判断しました。
この裁決では、取締役会決議前の費用であっても、特定株式の取得を前提として支出された費用と見られる場合には、取得価額に含まれる可能性が示されています。
税務調査で問題になりやすいポイント
近年の税務調査では、特に1社を対象とするM&Aのデューデリジェンス費用について、取得価額に含めるべきではないかと指摘されるケースがあります。
その背景には、裁決で示された「特定の株式を取得する前提で行うデューデリジェンス費用は、その取得を断念した場合を除き、当該株式の取得に関連して支出する費用である」という考え方があります。
ただし、対象会社が1社であるからといって、直ちにすべてのデューデリジェンス費用が取得価額に含まれるわけではありません。
現実のM&Aでは、対象会社が1社であっても、まだ買収するかどうかを判断している段階があります。この段階で行う調査は、買収の可否や買収手法を判断するためのものであり、必ずしも株式取得のための費用とはいえない場合があります。
東京地裁令和8年2月18日判決の概要
令和8年2月18日、M&Aにおけるデューデリジェンス費用等の税務処理を巡る事件について、東京地方裁判所の判決が出されました。
この事件では、M&A仲介業者に支払った情報提供料、中間報酬、法務調査報酬、成功報酬などが、株式の取得価額に含まれるかどうかが争われました。
東京地裁は、一部の費用については有価証券の購入のために要した費用には該当しないとして、納税者側の主張を一部認めました。
一方で、成功報酬については、最終契約が締結された場合に支払うものであり、実際に株式譲渡契約が締結されたことを受けて支払われたものであるため、株式購入に向けられた費用として、取得価額に含まれると判断しています。
東京地裁が示した判断基準
東京地裁は、「有価証券の購入のために要した費用」について、概ね次のような考え方を示しています。
まず、特定の有価証券の購入に向けられた費用であることが必要です。
また、その費用が客観的に必要とされるものであることも必要とされています。
さらに、判断にあたっては、次のような事情を踏まえるべきとしています。
支出の原因となる契約の目的
契約に基づく個々の業務の目的や内容
M&Aプロセス全体におけるその業務の位置付け
業務履行時点における株式購入の蓋然性
株式購入の不確実性がどの程度解消していたか
つまり、単に最終的に株式を取得したかどうかだけで一律に判断するのではなく、費用が発生した時点で、その費用がどのような目的・位置付けで支出されたのかを見る必要があります。
買収するかどうかの判断材料であれば損金の余地あり
東京地裁は、特定の対象会社を買収するかどうか、また買収するとしても株式取得・事業譲渡などどのM&A手法によるかが決まっていない段階で、その判断材料とするために行なわれた業務に係る費用については、特定の有価証券の購入に向けられた費用とはいえないと判断しています。
これは実務上重要です。
M&Aでは、最初から株式取得と決まっているとは限りません。事業譲渡、会社分割、株式取得、合併など、複数の手法が検討されることもあります。
そのような段階で実施される調査費用は、株式購入そのもののためではなく、買収の可否や手法を判断するための費用と考えられる可能性があります。
この場合には、損金算入できる余地があります。
取得価額に算入されやすい費用
一方で、次のような費用は、株式の取得価額に含める方向で検討すべきです。
株式譲渡契約の締結を前提とした成功報酬
株式取得価格を決定するための調査費用
株式取得に向けた最終交渉段階のアドバイザリー報酬
株式取得を前提とした契約書作成・レビュー費用
株式取得に直接関連する仲介手数料
株式取得の実行に必要な手続費用
特に、契約上「株式取得に伴う業務」「株式譲渡契約成立時に支払う成功報酬」などと明記されている場合には、取得価額に算入すべきと判断される可能性が高くなります。
損金算入できる可能性がある費用
一方で、次のような費用は、状況によって損金算入できる余地があります。
買収候補を選定するための初期調査費用
M&Aを実施するかどうかを判断するための調査費用
株式取得か事業譲渡かなど、M&A手法を検討するための費用
対象会社の概要を把握するための初期情報提供料
買収の可能性を検討するための予備的なデューデリジェンス費用
最終的に買収に至らなかった案件に係る費用
ただし、これらも名称だけで決まるものではありません。
たとえば「情報提供料」という名目であっても、実質的に株式取得に直接結びつく成功報酬の一部であれば、取得価額に算入すべきと判断される可能性があります。
会計処理と税務処理の違い
企業会計上、個別財務諸表では、金融資産の取得時における付随費用は、原則として取得価額に含める取扱いとされています。
一方、連結財務諸表では、企業結合に関連する取得関連費用は、発生した事業年度の費用として処理されます。
このように、会計上も個別財務諸表と連結財務諸表で取扱いが異なります。
税務では、法人税法上の有価証券の取得価額の規定に基づき、株式の購入のために要した費用かどうかを判断します。
したがって、会計上費用処理しているから税務上も当然に損金になる、というわけではありません。逆に、会計上取得価額に含めているから税務上も必ず同じ、という単純な話でもありません。
税務上は、法人税法上の取得価額規定と実態に基づく検討が必要です。
株式取得以外のM&Aでは取扱いが異なる場合がある
M&Aといっても、手法はさまざまです。
代表的な手法には、次のようなものがあります。
株式取得
合併
会社分割
株式交換
株式移転
事業譲受け
今回問題になりやすいのは、主に株式取得型のM&Aです。
一方、合併や会社分割、事業譲受けなどでは、デューデリジェンス費用の取扱いが異なる場合があります。
たとえば、合併に伴うデューデリジェンス費用については、被合併法人の事業内容や権利義務関係を把握するための業務委託費用であり、個々の減価償却資産を事業の用に供するために直接要した費用には該当しないとして、損金処理できるとされる考え方があります。
したがって、M&A費用の税務処理を検討する際は、まずM&Aの手法を確認する必要があります。
実務で残しておくべき資料
M&A関連費用について税務処理を検討する際には、後から説明できる資料を残しておくことが重要です。
特に、次のような資料は保存しておきたいところです。
取締役会議事録
経営会議資料
稟議書
意向表明書
基本合意書
株式譲渡契約書
業務委託契約書
FA契約書
M&A仲介契約書
デューデリジェンス報告書
請求書
業務内容の明細
各費用の発生時期が分かる資料
M&A手法の検討資料
買収候補の比較資料
買収を断念した案件の資料
これらの資料により、その費用が「買収するかどうかを判断するための費用」なのか、「特定株式の取得に向けた費用」なのかを説明できるようにしておくことが重要です。
契約書の記載に注意
税務調査では、業務委託契約書やFA契約書、仲介契約書の記載内容が重視されることがあります。
たとえば、契約書に「対象会社株式の取得に伴う業務」「株式譲渡契約の成立に向けた支援」「株式取得に関するアドバイザリー業務」などと記載されている場合、その費用は株式取得に向けられたものと見られやすくなります。
一方、初期段階であれば、「買収可能性の検討」「M&A手法の比較検討」「対象会社の事業概要・リスクの初期調査」など、業務の目的を実態に即して明確にしておくことが重要です。
もちろん、税務上有利に見せるためだけに実態と異なる記載をすることはできません。しかし、契約書や請求書の記載が曖昧だと、実際には判断材料を得るための費用であっても、取得価額に算入すべき費用と見られるリスクがあります。
費用を一括で判断しない
M&A関連費用は、一つの請求書にまとめて記載されることがあります。
しかし、税務上は、費用を一括で判断するのではなく、業務内容ごとに分けて検討することが重要です。
たとえば、同じM&A仲介業者への支払いでも、次のように性質が異なる場合があります。
初期情報提供料
中間報酬
デューデリジェンス支援費用
価格交渉支援費用
契約書締結支援費用
成功報酬
これらのうち、どの費用が損金算入可能で、どの費用が取得価額に含まれるかは、業務の目的、発生時期、M&Aプロセス上の位置付けにより変わります。
可能であれば、請求書や契約書で業務内容と金額を区分しておくと、税務処理の検討がしやすくなります。
意思決定の時点を明確にする
従来の実務では、株式取得の意思決定時点が一つの重要な基準とされてきました。
しかし、ここでいう意思決定は、必ずしも形式的な取締役会決議だけを意味するとは限りません。
会社の規模、意思決定権限、社内規程、役員構成、オーナー経営者の関与状況などにより、実質的な意思決定の時点は異なります。
たとえば、大企業であれば、担当部署の検討、投資委員会、経営会議、取締役会と段階的に意思決定が進むことが多いでしょう。一方、同族会社では、オーナー社長が早い段階で実質的な取得意思を固めているケースもあります。
そのため、会社としてどの時点で株式取得の意思決定をしたのかを、議事録や稟議書で明確にしておくことが大切です。
東京地裁判決をそのまま鵜呑みにするのは危険
令和8年2月18日の東京地裁判決では、納税者側の主張が一部認められました。
そのため、実務上は「買収判断のためのデューデリジェンス費用なら損金でよい」と考えたくなるかもしれません。
しかし、この事件については国側が控訴しており、今後の高裁判断を待つ必要があります。
また、東京地裁判決は個別事案に基づく判断であり、すべてのM&A案件にそのまま当てはめられるわけではありません。
現時点では、従来の意思決定基準を基本にしつつ、近年の裁決や東京地裁判決を踏まえ、個々の費用の目的・内容・発生時期・株式購入の蓋然性を慎重に検討することが現実的です。
税務調査で確認されやすいポイント
M&A関連費用については、税務調査で次のような点が確認される可能性があります。
対象会社はいつ特定されたか
株式取得の意思決定はいつ行われたか
取締役会・経営会議・稟議の内容
意向表明書や基本合意書の内容
デューデリジェンスの目的
M&A手法はいつ決定されたか
契約書上の業務内容
請求書の内訳
最終的に株式取得に至ったか
成功報酬の支払条件
費用処理と取得価額算入の区分根拠
これらについて説明できない場合、損金算入した費用が取得価額に含めるべきものとして指摘されるリスクがあります。
経理担当者が確認したいチェックリスト
M&A関連費用が発生した場合、経理担当者は次の点を確認しましょう。
M&Aの手法は株式取得か、合併・事業譲受け等か
対象会社はいつ特定されたか
株式取得の意思決定はいつ行われたか
デューデリジェンスは何のために行われたか
買収可否の判断材料としての調査か
株式取得価格決定や最終契約締結のための調査か
契約書や請求書に業務内容が明確に記載されているか
成功報酬と初期費用を区分しているか
費用を損金処理する根拠資料があるか
取得価額に含めるべき費用を漏らしていないか
M&A関連費用は金額が大きくなりやすいため、決算時にまとめて判断するのではなく、案件の進行段階ごとに整理しておくことが望ましいです。
まとめ
M&Aにおけるデューデリジェンス費用は、税務上、その事業年度の損金として処理できるのか、取得した株式の取得価額に含めるべきなのかが問題になります。
株式取得型のM&Aでは、購入した有価証券の取得価額に、購入手数料その他その有価証券の購入のために要した費用を加算する必要があります。そのため、デューデリジェンス費用が「有価証券の購入のために要した費用」に該当する場合には、損金算入ではなく、株式の取得価額に含めることになります。
従来は、株式取得の意思決定前に発生した費用は損金算入、意思決定後に発生した費用は取得価額算入という考え方が基本とされてきました。しかし、近年の裁決では、取締役会や株主総会の正式決議前に発生した費用であっても、特定株式の取得を目的として支出されたものとして、取得価額に算入すべきと判断された事例があります。
一方、令和8年2月18日の東京地裁判決では、情報提供料、中間報酬、法務調査報酬の一部について、有価証券の購入のために要した費用には該当しないとして、納税者側の主張が一部認められました。この判決では、特定の有価証券の購入に向けられた費用かどうか、客観的に必要とされる費用かどうか、株式購入の蓋然性や不確実性の解消状況などを踏まえて判断すべきとされています。ただし、同事件は国側が控訴しており、今後の高裁判断を注視する必要があります。
実務上は、東京地裁判決だけを根拠に安易に損金処理するのではなく、従来の意思決定基準を基本にしながら、個々の費用の目的、契約内容、業務内容、発生時期、M&A手法、株式取得の蓋然性を丁寧に整理することが重要です。
M&A関連費用については、契約書、請求書、業務内容の明細、取締役会議事録、稟議書、意向表明書、基本合意書、デューデリジェンス報告書などを保存し、損金処理または取得価額算入の判断根拠を説明できるようにしておきましょう。
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【この記事の執筆者】
安田 亮（公認会計士・税理士）
安田亮公認会計士・税理士事務所 代表
京都大学経済学部在学中に公認会計士試験に合格。有限責任 あずさ監査法人、株式会社神戸製鋼所での実務経験を経て、2018年に神戸市で独立。
現在は、中小企業から上場企業に対する税務顧問、決算支援、税効果会計、連結決算、新リース会計基準への対応、組織再編、補助金・助成金に関する支援などを行なっています。また、金融機関や大手企業が運営する税務・会計・経営分野のWebメディアにおいて、記事の執筆・監修にも携わっています。
事務所ブログでは、税制改正や会計基準、経営実務に関する情報を、専門用語をできるだけかみ砕き、経営者や経理担当者の方に役立つ形で解説しています。
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